ISB_LOGO_Cosmic_10.gif IMC at a glance: in silico Molecular Cloning

Last Modified: 2013-05-07 (火) 17:30:52

IMCの特徴

IMC Version 5 概要

IMCは何に使えるか?:ソリューションリスト

  • IMCソリューションリスト?
  • GenBank-EMBL相互フォーマット変換
  • GenBankファイルから大規模フィーチャーマップを描く
  • フィーチャーマップをカスタマイズする
  • 他のソフトで同定した注釈をインポートする
  • PCRプライマーの管理用に使う
  • プライマー設計に使う
  • ゲノム間、染色体間の比較解析に使う
  • 参照塩基配列上に、他の配列をマッピングする
    • cDNA塩基配列のマッピング
    • ABI形式シーケンンシングデータのマッピングと多重トレース波形表示
  • 環状ゲノムDNAのシームレス操作・描画に使う
  • アノテーションに使う
  • アミノ酸プロファイル解析に使う
  • タイリングアレイ解析に使う

IMCの更新履歴

IMCが最初にリリースされてからの、機能向上・不具合修正の履歴を全部参照できます。

IMCの性能

大規模データの処理にIMCがどの程度の性能を発揮するかを示します。

IMCのメニュー別機能一覧

  • IMCメニュー別機能一覧?

IMCの部品(ウィンドウ、ダイアログ)別機能

IMC機能構造

  • IMC機能構造化リスト?

注釈付き塩基配列ファイルのインポート・エキスポート

  • 大規模塩基配列の高速読込可能
  • CSV形式での塩基配列、アミノ酸配列エキスポート
  • FastA(Single, Mupltiple)フォーマットでの配列ファイル出力、定義行のフレキシブルな設定
  • DDBJ大量塩基配列データ登録機能
  • 圧縮塩基配列ファイルの直接読み込みとTaxononyツリー展開
  • TaxiSpiderからの塩基配列ファイル受け取り

実際に切断・ライゲートできるクローニング機能

IMCは、クローニング実験の操作をコンピュータ上で実行できることに特徴があります。この際、特殊なデータは不要で、GenBankやEMBLなどの公的なデータベースから入手できる塩基配列データをそのままクローニングすることが可能です。クローニングは注釈付の配列をそのまま、制限酵素消化、PCRプライマー設計、PCR増幅、ライゲーションを実行できます。結果として得られるクローニング生産物はすべてGenBank/EMBLフォーマットで出力されます。Primer情報は塩基配列上に貼り付けられ保存されるるため、Primerの管理にも有用です。

  • 制限酵素処理(制限酵素地図、制限酵素消化断片生成、インサートチェックに最適な制限酵素候補リスト、その他)
  • PCRプライマー設計、特定のフィーチャー上を避けるプライマー設計、PCRによる複製(注釈含む)、プライマー管理
  • ライゲーション、セルフライゲーション、塩基断片末端形状適合性チェック機能
  • プラスミドマップ作成(インサート領域の吹き出し機能)
  • 注釈を記述したままのクローニング
  • DNA末端への制限酵素認識部位の付加
  • DNA末端平滑化(Blunting)、リン酸化(脱リン酸化)
  • 注釈付き塩基配列の任意領域切り出し

フィーチャーマップ作成機能

IMCのフィーチャーマップは多様なカスタマイズ機能を有しており、望み通りの遺伝子地図などを描画、印刷することができます。

  • 遺伝子地図(フィーチャーマップ)作成、地図のカスタマイズ(フィーチャー配置方法、形状、カラー、ラベル)
  • 独自フィーチャーキーの登録、
  • 環状DNA対応のスクロール、地図描画
  • 高速ズーム、スクロール
  • GenBank/EMBLフォーマットファイルとの連動
  • コンテントマップ(組成プルファイル)の表示
    • GC含量
    • GCスキュー
    • FickettによるTESTCODEなど)
    • 任意の数値列のインポートおよびプロファイル表示

フィーチャーマッピング

  • 外部の遺伝子同定ソフトウェアの出力ファイルからのフィーチャー読込
    • Glimmer, GeneScan?, tRNAScan-SE,
  • Blast検索結果のフィーチャーへの貼り付け
  • フィーチャーの機能別(カテゴリ別、EC番号別)カラー分類表示

配列マッピング

  • cDNA配列のゲノムDNAへのマッピング
  • ABIシーケンサー配列ファイルのDNAへのマッピング、多重トレース波形アラインメント描画・操作

配列解析

  • アミノ酸翻訳
  • スタート(ストップ)コドン同定
  • コドンアミノ酸使用頻度表作成
  • ORF抽出(Longest法)
  • 注釈付き塩基配列の逆相補鎖生成

検索機能

  • 配列パターン検索(核酸・アミノ酸)、遺伝子間領域探索
  • キーワード検索
  • フィーチャーキー検索
  • EC番号検索
  • 相同性検索
    • フィーチャーマップとレファレンスマップ間
    • 対ローカルデータベース、
    • NetBlast?対応
  • すべてのフィーチャーの塩基配列、アミノ酸配列から上記データベースへの検索
  • 検索用データベースの簡単作成
  • バッチホモロジー検索(指定領域の全フィーチャー対象)、検索結果のフィーチャーへの貼り付け
  • マルチプルアラインメント
  • 分子系統樹描画
  • DDBJ大量データ登録機能

アノテーション機能(同)

  • アノテーションウィンドウ?

    アノテーションウィンドウでは、様々なツールが用意され、誰でも簡単に注釈をつけることができるようになっています。

  • 注釈自動転記機能
  • フィーチャー別に相同性解析結果を貼り付け保存

比較ゲノム機能(2種ゲノム比較)

比較ゲノム機能(多ゲノム比較)

スタンダード版のすべての機能の上に、比較ゲノム機能が強化されており、環状ゲノムマップやドットプロットの描画印刷機能などが実装されています。さらに参照ゲノムマップでは数十もの生物種を簡単に比較解析することができます。

  • 多重ゲノム・アラインメント・フィーチャーマップ
    • 染色体間での相同性検索
    • フィーチャーアラインメント
  • 環状ゲノムマップ
  • ドットプロット
  • ゲノムリアレンジメントマップ(Genome Rearrangement Map)
  • ベン図(Venn Diagram)
  • 反復配列検出
  • 染色体間非相同領域検出

アレイ解析機能

高精度なタイリングアレイデータを遺伝子などの注釈と併置して閲覧解析することが可能です。現在のところ、Affymetrix 社、Agilent 社、Nimblegen 社のアレイに対応しています。

  • アレイプロファイル並列表示(注釈も同時に表示・印刷可能)
  • アレイデータ補正、アレイ情報統計(グラフ作成)
  • アレイ間演算、演算結果ファイル保存
  • プローブレベルー遺伝子レベル発現強度変換
  • 遺伝子(遺伝子間)別発現強度によるクラスタリング
  • プロファイルピーク検出

ユーティリティ

  • IMC最新版の自動ダウンロード・インストール機能
  • ヘルプの最新版のダウンロード・インストール
  • 圧縮塩基配列ファイルの直接読み込み・Taxonomy展開

IMCエディション別機能比較

  • SE/GE/AE 機能比較表?

IMCプロトコル集

  • IMC_Tutorial?

IMC Tips

IMCの動作環境

IMCのダウンロード方法

IMCのインストール方法

  • Windowsへのインストール?
  • Mac OS Xへのインストール?

IMCのライセンス

  • 試用版ライセンス
  • 正規購入ライセンス
    • 固定ライセンス
    • 浮動ライセンス

Java Memoryの変更方法

IMCの起動と終了

  • Windows xpでの起動方法
  • Mac OS Xでの起動方法
  • IMCの終了方法
  • IMCの強制終了方法

IMC練習用データ

用語集


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