#menu(ISB_MenuBarEN)
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[[Introduction>#START]] &br;
Alphabetic [[A>#A]] [[B>#B]] [[C>#C]] [[D>#D]] [[E>#E]] [[F>#F]] [[G>#G]] [[H>#H]] [[I>#I]] [[J>#J]] [[K>#K]] [[L>#L]] [[M>#M]] [[N>#N]] [[O>#O]] [[P>#P]] [[Q>#Q]] [[R>#R]] [[S>#S]] [[T>#T]] [[U>#U]] [[V>#V]] [[W>#W]] [[X>#X]] [[Y>#Y]] [[Z>#Z]] &br;
Numeric [[1>#N1]] [[3>#N3]] [[6>#N6]]&br;
Japanese Characters [[あ行>#JA]] [[か行>#JK]] [[さ行>#JS]] [[た行>#JT]] [[な行>#JN]] [[は行>#JH]] [[ま行>#JM]] [[や行>#JY]] [[ら行>#JR]] [[わ行>#JW]]
*** &aname(START){Introduction}; [#c2023836]
~この用語集は、インシリコバイオロジー株式会社がその製品であるソフトウェアで使用している用語を主にまとめたものです。このため、一般的な用語と若干異なる場合もありますので、ご注意ください。
~この用語集は、インシリコバイオロジー株式会社が開発したソフトウェア製品で使用している用語を主にまとめたものです。このため、一般的な用語と若干異なる場合もありますので、ご注意ください。
*** &aname(A){A}; [#a55ad222]
:A.A.(ISB term)|JP: Amino Acidの略。&br; EN: Abbreviation of Amino Acid.
::A.A.Mapping(ISB term)|アミノ酸配列を参照ゲノム塩基配列上に相同性を利用してマッピングする機能。マッピング結果はChartViewerで閲覧できる。
::A.A.Profile(ISB term)|蛋白質のアミノ酸の性質を連続的な棒グラフで示したもの。
:ABI|Applied Biosystems, Inc.の略。DNAシーケンサーなどの製造を行う企業。
::ABI Alignment(ISB term)=波形アラインメント|ABI Mappingよりゲノムに同一領域にマップされた複数のABIファイルから抽出された塩基配列をアラインメントし、その波形をも表示する機能をいう。ABIファイルがマップされたIMCのフィーチャーマップ上で、マウス右クリックすることにより、実行できる。
::ABI Format|ABI社のDNAシーケンサーから出力されるファイル形式。波形を表示するために必要な情報が格納されている。SCF参照。IMCでは、このファイルを直接読み込み、フィーチャーマップに表示でき、波形も表示できる。マッピングにフィーチャーとして登録し、そこから対応する波形(複数)をアラインメント表示できる。
::ABI Mapping(ISB term)=Trace Mapping|IMCでは、ABI形式ファイルをゲノム塩基配列上にマッピングすることができる。&br;[[詳細説明>IMC_TraceMapping]]
:ACE|JP: Phrapアセンブラーの出力ファイルフォーマット。GenomeTravelerで作成、およびインポートすることができる。&br; EN: The output file format of Phrap assembler. This file can be generated or imported by the GenomeTraveler.
:Add|~Add buttonのこと (ISB term)
::Add button|環状ゲノムマップ用同心円レーン追加&br;メインフィーチャー用レーン追加&br;プラスミドマップ用レーン追加
:Adjust|
::Adjust Button|
:AFG|VelvetによるDeNovoアセンブル結果ファイル
:Affymetrix|DNAマイクロアレイなどの製造を行う企業。
::Affymetrix Format File(ISB Nomenclature、IMC Nomenclature)|Affymetrix社のアレイデータのフォーマットを言う。IMCで読み込みできる。
:::Affymetrix BPMAP|
:::Affymetrix CEL File|
:Annotation|塩基配列やアミノ酸配列上のフィーチャーに注釈をつけることを示す。
::Annotation Window(ISB Nomenclature)|IMCの操作用ウィンドウのひとつ。この画面から相同性検索結果などを参照し、アノテーション作業を行うことができる。
::Annotation, Auto|自動アノテーション機能。IMCGE以上に実装されている。
:AntigenPredictor(ISB Nomenclature)|ISB社のバイオソフトウェア製品のひとつ。抗原決定基を予測する。
:Assemble(ISB Nomenclature、MGG Nomenclature)|MGGにおける作業単位の第3位。第1位はWork Area。第2位はProject。Assemble単位でアセンブルを実行できる。

:Assembler| アセンブル用ソフトウェア。MGG自体にはアセンブル機能はなく、別のソフトウェアとしてのアセンブラーを起動することができる。現在、MGGで登録、起動可能なアセンブラとしては、in silico AssemblerおよびPhrapがある。
:Auto|
::Auto Annotation|See Annotation, Auto
::Auto Button|
::Auto Copy(ISB Nomenclature)|IMCにおいて、ホモロジー検索の結果ヒットしたSubjectから必要な注釈を自動的に転記する機能。自動的にコピーするQualifierを指定できる。
::Auto Scroll|
*** &aname(B){B}; [#qe36d4fd]
:BAM|SAMToolの出力フォーマット。BAMはバイナリ形式。
:Batch|~まとめて実行すること。
:: Batch Homology Search(ISB用語、IMC用語)|多数のフィーチャーをクエリーとして、まとめて相同性検索を実行する機能を示す。
:: Batch Primer Design (ISB用語、IMC用語)|多数の領域をそれぞれ増幅するためのPrimer Setを一括して設計すること。
:Base|
::Base Color|
:BED|~フィーチャーファイル形式のひとつ。UCSC Genome Browserで使用されている。
:Blast|~NCBIで開発された高速ホモロジー検索用アルゴリズム
::Blast DB|BLASTを実行するために、必要なデータベース。FormatDBというコマンドを用いて、生成することができる。IMCでは、内部的にこれを生成するので、ユーザーはFormatDBのことを知らなくともデータベースを作成することができる。
::Blast Result|
:::Blast Result Mapping (ISB用語)|
:Blat|~UCSCで開発されたBLASTに類似したホモロジー検索ソフトウェア。NCBI BLASTより高速である。
:Blunting|平滑化。酵素により、DNAの突出末端を平滑末端にする。IMCでは、この反応を考慮することができる。
::Blunting Button(ISB用語、IMC用語)|平滑化反応ボタン。
:Border|
::Border for Low/High|
:Bridge|
*** &aname(C){C}; [#aa5f9ebe]
:cDNA|
::cDNA Mapping (ISB用語)|~IMCのマッピング機能の1種。EST Mappingに名称変更。
:CDS |GenBank/EMBL/DDBJ用語。(=CoDing Sequence)。アミノ酸コーディングシーケンスを示す。
:Chain Flexibility|アミノ酸鎖柔軟性判定アルゴリズム。IMCには、プロファイル解析の1手法として実装している。
:Chou-Fasman|アミノ酸二次構造予測アルゴリズムの1つ。IMCでは、このプロファイルを描画できる。
:ChartViewer(ISB用語)|インシリコバイオロジー社で開発した、多重トレース波形表示ソフトウェア。トレース波形ビューア。IMCおよびMGGで使用される特殊ビューア。シーケンサートレース波形の多重アラインメントを表示、操作することができる。

:Circular Genome Map(ISB用語)|環状ゲノムマップ。IMCAEとIMCGEにて描画できる。[[IMCの機能説明へ>IMC_CircularGenomeMap]]
:Classification|
::Classification Search|
:ClustalW|マルチプルアラインメント用ソフトウェア。
:Clustering|
:Codon|コドン。アミノ酸1つを翻訳するために必要な3文字の核酸をいう。
::Codon Usage (=Codon Frequency)|コドン使用頻度
:COG|原核生物用Orthologデータベース。遺伝子の機能分類に使用される。
::COG機能分類コード|
:::INFORMATION STORAGE AND PROCESSING|
 [J] Translation, ribosomal structure and biogenesis 
 [A] RNA processing and modification 
 [K] Transcription 
 [L] Replication, recombination and repair 
 [B] Chromatin structure and dynamics 
:::CELLULAR PROCESSES AND SIGNALING|
 [D] Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning 
 [Y] Nuclear structure 
 [V] Defense mechanisms 
 [T] Signal transduction mechanisms 
 [M] Cell wall/membrane/envelope biogenesis 
 [N] Cell motility 
 [Z] Cytoskeleton 
 [W] Extracellular structures 
 [U] Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport 
 [O] Posttranslational modification, protein turnover, chaperones 
:::METABOLISM|
 [C] Energy production and conversion 
 [G] Carbohydrate transport and metabolism 
 [E] Amino acid transport and metabolism 
 [F] Nucleotide transport and metabolism 
 [H] Coenzyme transport and metabolism 
 [I] Lipid transport and metabolism 
 [P] Inorganic ion transport and metabolism 
 [Q] Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism 
:::POORLY CHARACTERIZED|
 [R] General function prediction only 
 [S] Function unknown 
:Color|
::Color Space|
:Consensus|
::Consensus Sequence|
:Content|
::Content Map(ISB用語)|組成情報を表示するためのマップ。GC含量、GC Skewなどがある。
::Content Profile|
::Content Range|
:Contig| 2つ以上のフラグメント同士が共通の塩基配列を持つ場合、これらが由来するゲノムの領域が同一であると仮定することにより、1つの結合された配列(コンセンサス配列)をつくることができる。この集合をContigという。1つのフラグメントのみから構成される集合を含めてContigという場合もある。
::Contig List|
:Coverage|
::Coverage Depth|
:::Coverage Depth Profile|
:CSFastA|ABI SOLiDのカラースペースデータフォーマット
:CSV|Comma Separated Valueの略。
::CSV Format File|Excelなどで読み込むことができるテキスト形式フォーマット。IMCやMGGでも、広く採用している。
:Cumulative GC/AT Skew|
:Current Sequence|現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列
::Current Sequence Folder|現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列が格納されているフォルダー。このフォルダーに含まれるすべての塩基配列がメモリー上にロードされている。
*** &aname(D){D}; [#i94a04eb]
:DAM/DCM (=DNA Adenine Methylase/DNA Cytosine Methylase)|メチル化による影響で制限酵素消化が阻害されることを示す。IMCではこの影響を判定することができる。DAMはGATCのAdenineをメチル化する。DCMはCCWGGの第2Cytosineをメチル化する。
:Delete|
::Delete Button|
:de novo| 最初から
:Description Window(ISB用語、IMC用語)|フィーチャーへの注釈を記述する
:Dialog|
::Dialog, File Selection|
:Disagreement (ISB用語、GT用語)|不一致
::Disagreement List|不一致部位検出リスト
:DotPlot|~ドットプロット。2種のDNA間の相同領域を二次元グラフ上に、ドットを用いて網羅的に表示する機能。IMCAEとIMCGEに実装されている。[[IMCのドットプロット機能説明へ>IMC_DotPlot]]
*** &aname(E){E}; [#q4e29fbd]
&aname(EditingDNAPool);
:Edit|
::Edit Button|
::Edit Menu|
:Editing DNA Pool (ISB用語) (= Old Name:編集DNAプール (= 反応チューブに変更))|
~反応チューブ(旧名:編集プール)には一度に複数のDNA塩基配列データを読み込めます。一度に読み込めるファイル数に制限はありませんが、メモリー容量による限界があります。
読み込み可能なDNA塩基配列データは配列コードのみで書かれたテキスト形式のファイル、FastA形式のファイル、そしてGenBank、EMBL形式のファイルです。
GenBank、EMBL形式のファイルの場合には、そのLOCUS行がチェックされ、CIRCLUARすなわち環状のDNAであれば、環状のアイコンで表示され、以外であれば線状のアイコンで表示されます。それぞれ、DNA塩基配列ファイル名称および塩基配列長が表示されます。そこにマウスを持っていくと、バルーン表示で、そのDNAファイルのSOURCE/ORGANISMに記述された内容が表示されます。
最後に読み込んだDNAファイルがアクティブとなり、塩基配列表示領域および編集DNAフィーチャーマップ表示領域にその内容が表示されます。
:EMBL|
::EMBL Format|~EMBLフォーマットはヨーロッパを中心として利用されている同じくテキスト形式の注釈付塩基配列およびアミノ酸配列データ形式を示します。Genbankフォーマットとは若干異なりますが、内容はほぼ同一です。IMCではEMBLフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。
::EMBL Format File|
:EMF|Extended Meta Format。画像フォーマットのひとつ。IMCで採用している。マイクロソフトのPower Pointなどで、編集できる。
:Expand(ISB用語)|GenBank/EMBLマルチプルフォーマットのファイルをよみ、それぞれの配列エントリーのOrganismによって、学名による系統樹構造を作成し、それぞれ当てはまる個々の配列をシングルフォーマットに変換し、格納することを言う。IMCのExpandボタンで実行できる。
:EST|
::EST Mapping|~IMCの配列マッピング機能の一つ。多数のEST配列をエクソン、イントロンを判別してジョイン形式のフィーチャーとして、参照ゲノム塩基配列上にマッピングする。
*** &aname(F){F}; [#h289afec]
:FastA|
::FastA Format|~注釈なしの核酸やアミノ酸配列に一行のヘッダー情報がついた形式のファイルです。ホモロジー検索のデータベースを生成する場合によく利用されます。IMCではFastAフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んで表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。
:FastQ|
::FastQ Format|
:Feature|生物学的特徴・性質を表現するために定義された具体的存在をいう。
::Feature Area
::Feature Color|
::Feature Figure|
::Feature Fusion|
::Feature Import|
::Feature, Inherit|変更されたゲノム塩基配列上のフィーチャーを継承することをいう。
::Feature, Invisible|
::Feature, Draw|
::Feature Labe|
::Feature, Unlabel|
::Feature, Delete|フィーチャーの上でマウス右クリックし、表示されるメニューから「Delete Whole Feature」をクリックする
:::Feature, Temporaly Deleted|IMCのフィーチャーマップ上で一時的に削除されているフィーチャを言う。回復可能。グレーで描画されている。
:::Feature, Completely Deleted|IMCのフィーチャーマップ上から完全に削除されたフィーチャーを示す。完全削除後は回復できない(ファイルを保存する以前であれば、ファイル保存をキャンセルすることで回復可能な場合がある)。

:Feature Key|~生物学的特徴・性質を表現するために定義された一般概念をいう。
::Feature Key Registration|
::Feature Key Search|

:Feature Map (ISB用語)|IMCにて、生体高分子(DNAやアミノ酸)への注釈をFearture Keyという概念を用いて、図示し地図のように表示する機能。
::Feature Map, Print|
:::Feature Map Print Dialog|~フィーチャーマップは印刷することができます。メインフィーチャー画面で、フィーチャーマップ印刷ボタンをクリックしたときに表示される画面は印刷対応ウィンドウとなっています。すなわち、この画面はプレビュー画面となっており、印刷される状態をみることが可能です。ここから直接プリンタに印刷したり、PDFファイルを出力したり、印刷のための設定をしたりすることが可能です。
:Fickett、James|DNA塩基配列からコーディング領域らしさを予測するアルゴリズムであるTestCodeを発表した。
:FK(ISB用語)|Feature Keyの略。
:Forward|
::Forward Strand|
:Fragment|DNAの断片を言う。あるいはNGS用語で、Paired-Endではないシングルフラグメントのショートリードを言う。
:Fragment Area|
::Fragment Mapping|
::Fragment Viewer(ISB用語、MGG用語)|DNAシーケンサからの配列フラグメントの品質などを閲覧するビューアを言う。MGGに装備されている。
:Fusion|
::Fusion, Feature|
*** &aname(G){G}; [#k6e5da34]
:Gap|
::Gap Penalty|
:::Gap Extension Penalty|
:::Gap Opening Penalty|
:GC Content|GC含量のこと。IMCのFeature Map上および環状ゲノムマップ上に描画することができる。
:GC Skew|GCスキューのこと。IMCのFeature Map上および環状ゲノムマップ上に描画することができる。

:GE (= Gel Electrophoresis (= ゲル電気泳動))|
::in silico GE|~コンピュータ内で仮想的に行うゲル電気泳動実験。IMCで実行できる。
:GenBank|~NCBIで運営されている配列データベース。各投稿者からのエントリー配列をそのまま掲載している。RefSeqは、NCBIで独自に注釈をつけたもの。
::GenBank Format|~Genbankフォーマットとは、注釈付の塩基配列データあるいはアミノ酸配列データのファイル形式を示します。米国NCBIで提供するテキスト形式のフォーマットです。このため、たいていのエディターソフトウェアでも内容を見ることが可能です。NCBIの塩基配列、アミノ酸配列データベースはもっとも大掛かりで、また頻繁に更新されています。このGenbankフォーマットのデータは様々なソフトウェアで読み込む、書き出すことができるので、研究者間のデータ交換にも最適です。IMCではGenbankフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。
::GenBank Format File|~GenBankデータベースを構成するレコードエントリーの書式
:::Single GenBank Format File|
:::Multiple GenBank Format File|
:GeneScan|~遺伝子予測ソフトウェア。その出力ファイルをIMCで読み込み、フィーチャーとして登録できる。

:Genome|

::GenomeGAMBLER(ISB用語、MGG用語)|~登録商標。ソフトウェアの名称。ゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。


::Genome Rearrangement Map|~ゲノムリアレンジメントマップ。リンクマップとも呼ぶ。IMCGE, IMCAE, GenomeTravelerに実装されている。[[機能・操作説明へ>IMC_GenomeRearrangementMap]]

::GenomeSpider|~インシリコバイオロジー社のソフトウェアの名称
::GenomeTraveler|~インシリコバイオロジー社のソフトウェアの名称
:GenPept|~GenBankの塩基配列のコーディング領域をアミノ酸翻訳し、注釈をつけたデーtを言う。
:GFF|~General Feature Formatの略。IMCでフィーチャーインポートし、新規フィーチャーとして登録可能。
:GFF|~SOLiDのマッピング結果出力フォーマット。IMCおよびMGG、GenomeTravelerで読込可能。
:GPFF|~GenPeptFormatFile。IMCでは、相同性検索用データベース生成の入力ファイルとして使用することができる。
:GTF|フィーチャー記述ファイル形式のひとつ。
*** &aname(H){H}; [#j07671e5]
:High|
::High Value|
:Highlight|
::Highlight Color|
:Homology|相同性。
::Homology Search|相同性検索。BlastやFastAなどが有名。
*** &aname(I){I}; [#pd106ee6]
:IMC (ISB用語)(= in silico MolecularCloning)|~インシリコバイオロジー社が奈良先端科学技術大学院大学(小笠原教授、黒川助教授)からの協力の下に開発したバイオソフトウェア。[[IMC Wikiトップページへ>in silico MolecularCloning]]
:In Fusion|
:in silico (= インシリコ)|〜「シリコンの中で」というラテン語由来の言葉。in vivo(生体内), in vitro(ガラスの中で、試験管の中で)から転じて、コンピュータの中でという意味。
::in silico Assembler|インシリコバイオロジー社が九州大学からの協力の下に開発したDNAフラグメントアセンブラー。
::in silico Experiment|インシリコ実験。コンピュータ内で行う実験。
::[[in silico biology>http://www.insilicobiology.jp/]] (=インシリコバイオロジー株式会社)|~横浜に拠点を置く日本のバイオインフォマティクス企業。インシリコ生物学関連のソフトウェアを独自開発。インシリコモレキュラークローニングシリーズ、メタゲノムギャンブラーシリーズなどのバイオソフトウェアを開発、販売。奈良先端科学技術大学院大学発ベンチャー企業。
::in silico BIOLOGY|ドイツの論文誌。
::in silico Digestion by Restriction Enzyme|制限酵素によるインシリコ消化切断。IMCに実装されている。
::in silico Gel Elecrophoresis|インシリコゲル電気泳動。IMCに実装されている。
::in silico PCR|インシリコPCR。IMCに実装されている。
:Indexing|
::Indexing Option|
:Insert Check|インサートチェック。IMCでは、インサートチェックに最適な制限酵素を探索することができる。
:Intensity|発現強度値。
:ISB|in silico biology, inc.の略。インシリコバイオロジー株式会社のこと。
:ISB Chart|インシリコバイオロジー社が開発した単一トレース波形ビューア・エディタ。多重トレース波形ビューアは[[Chart Viewer>#C]]を見よ。
*** &aname(J){J}; [#v1b61a4f]
:Java|~Sun Microsystemsが開発したプログラミング言語。ISB社開発製品で主に使用されている。
::Java Memory|
:::Java Memory Indicator (= Javaメモリー使用状況表示領域)|
:JSNP|Japanese SNPsデータベース。IMCでは対応するゲノム上にマッピングすることができる。
*** &aname(K){K}; [#c4274f60]
*** &aname(L){L}; [#nc36ec53]
:Last|産業技術総合研究所CBRCで開発された相同性検索ソフトウェアの名称。
:Leopard(=Apple用語)|Mac OS X.5のこと。
::Leopard, Snow(=Apple用語)|Mac OS X.6のこと。
:Ligation|ライゲーション反応。IMCクローニング機能の1つ。
::in silico Ligation|~コンピュータ内で仮想的に行うライゲーション実験。IMCで実行できる。
:Link|
::Linkage Map(ISB用語)|IMCGE以上で作成できる(Global) Genome Rearrangement Mapのこと。
:Local|
::Local Genome Rearrangement Map|局所ゲノム再配置地図。IMCGE以上に実装された近縁種間比較ゲノム機能。
;;;(Global) Genome Rearrangement Map|広域ゲノムゲノム再配置地図。
:Low|
::Low Value|
*** &aname(M){M}; [#f34fade3]
:Main Feature Window (ISB term)(= Main Window) |~IMCソフトウェアの操作はほとんどこの画面を中心に行うことになります。IMC Main Feature Windowはメニューバーおよびツールバーを上辺にもち、左側に編集DNAプール、反応DNAプール、参照DNAプールがあり、中央から右側にかけて、塩基配列表示領域、数値表示領域、編集フィーチャーマップ描画領域、参照DNAフィーチャーマップ領域からなります。また、左下隅にはJAVAメモリー使用状況が表示されます。
:Map|
::Map Scale|
::Map Shift|
:::Map Shift Left|
:::Map Shift Right|
:Match|
::Match Color|
:Mate|
::Mate Pair|
:Melting Temperature|融解温度。DNAの二重鎖が解離する温度。
:Message|
::Message, Error|エラーが発生した場合に表示されるメッセージ。
:Metabolite|代謝物質。
::Metabolite DB|植物や微生物の二次代謝物質のデータベース。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。
::Metabolite Finder|Metabolite DB専用の検索用ソフトウェア。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。
::Metabolite, Secondary|二次代謝物質
:MetaGeneAnnotator|東京大学で開発された原核生物ORF予測ソフトウェアの名称
:Meta Genome|メタゲノム。同一環境に成育する複数の生物種のゲノムを言う。
:MetaGenomeGAMBLER(=MGG)(ISB term, MGG term)|登録商標。ソフトウェアの名称。メタゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。[[MGG Wiki トップページへ>MetaGenomeGAMBLER]]
:MGG (ISB term, MGG term)|(MetaGenomeGAMBLERの略)。
:Mismatch|Perfect Matchに対応する用語。
::Mismatch Probe|配列の中央に対応するゲノム塩基配列と一致しない塩基を1つもつプローブを言う。バックグランドを示すと考えられる。
::Mismatch Color|
:Multiple|
::Multiple Alignment|多重並置
:::Multiple Alignment Editor (IMC term)|
:::Multiple Alignment Viewer (IMC term)|
*** &aname(N){N}; [#m931a6d0]
:Navigation|
::Navigation Area|
:Nimblegen|Arrayメーカのひとつ。IMCAEでサポートしている。
::Nimblegen Array|Nimblegenのアレイデータの読み込み方法
:::Niblegen PAIR File|
::Nimblegen Probe|Nimblegenのプローブマッピングの方法
:::Nimblegen NDF File|
:Northwest|   see also "Center"
*** &aname(O){O}; [#q1ac1e3c]
:Option Settings|オプション設定。ISBソフトウェアでの様々な設定を行う。
:ORF (= Open Reading Frame)|
::ORF_Glimmer1|ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。
::ORF_Glimmer2|ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。
::ORF_Long|ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。ORF候補のうち、長いものを示す。
::ORF_Middle|ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。ORF候補のうち、長いものを示す。
::ORF_Short|ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。ORF候補のうち、長いものを示す。
*** &aname(P){P}; [#c26bbf09]
:Pack|
::Pack Lane|IMCのフィーチャーマップのLaneのひとつ。フィーチャーを詰めて描画ずる。
::Pack Layout|同上。
:Paired-End|
::Paired-End Mapping|
:Parser|
:Pathway|
::Pathway Analysis|
:Pattern|
::Pattern Search|
::Parser-friendly(SLIM Search用語)|
:PCR (= Polymerase Chain Reaction)|
::in silico PCR|~コンピュータ内で仮想的に行うPCR実験。IMCで実行できる。[[IMCのプラスミドマップ描画機能へ>IMC_PlasmidMap]]
:PDF|Portable Document Formatの略。Abobe社の文書ファイルフォーマット。文字や画像を統合的に管理できる。IMCの画像出力フォーマットのひとつに採用されている。
:Peak|
::Peak Detection|アレイプロファイルからのピーク検出
::Peak Detection|マッピング結果のCoverage Depth Profileからのピーク検出
:Phylogenetic Tree|分子系統樹。IMCで描画・印刷できる。
:Plasmid|プラスミド。
::Plasmid Map|プラスミドマップ。IMCで描画・印刷できる。
:PM|Perfect Matchの略。
:PNG|Portable Network Graphicsの略。権利関係の面倒なGIFの代用フォーマットとして開発された。画像フォーマットのひとつ。IMCで画像出力用ファイル形式のひとつに使用している。
:Pool(旧ISB用語、旧IMC用語)|DNAプール。編集プールなどと呼ばれた。今後は、Tubeに統一。
:Primer|
::Primer Design|プライマー設計。IMCに実装されている。設計されたPrimerは、直ちにインシリコPCRを実行できる。
::Primer Management(ISB用語)|プライマー管理。IMCに搭載されているプライマー管理ツール。プライマーリストからプライマーセットを選択し、そのプライマーセットが増幅できる登録済みDNAをフィーチャーマップに呼び出すことができる。[[IMCのプライマー管理機能>IMC_PrimerManagement]]へ。
:Priming|
::Priming Site|
:Probe|
::Probe, PM|Perfect Match Probe
::Probe File|
:::Probe File, Affymetrix|
:::Probe File, Agilent|
:::Probe File, Nimblegen|
:Profile|
::Profile, Amino Acids(=A.A.Profile)|蛋白質のアミノ鎖の性質を連続的な棒グラフで表示したもの。
::Profile, Coverage Depth|
::Profile, Fickett's TestCode|DNA配列上の遺伝子領域らしさを連続的な棒グラフで表示したもの。
::Profile, GC Content|
::Profile, GC Skew|
::Profile, Mapping|
::Profile Lane|IMCのフィーチャーマップフィーチャーレーンの1種。スライディングウィンドウ方式で位置依存数値データをグラフィカルに表示する。
:Project| MGGにおける作業単位の第2位。第1位はWork Area。第3位はAssemble。1つのProjectには複数のAssembleを登録できる。
:Proportional|
*** &aname(Q){Q}; [#j4140c30]
:Qualifier|Featureの性質を記述する。IMCでは、独自のQualifierを使用して、操作性を高めている。
::不要なQualifierを取り除く|
::Qualifierをラベルとする|
:Quality|
::Quality Check|
::Quality Color|
::Quality Value|
*** &aname(R){R}; [#l013ee65]
:RBS|Ribosomal Binding Siteの略。別名=SD配列。原核生物ORF予測ソフトウェアMetaGeneAnnotatorでは、RBSを予測する。IMCではMetaGeneAnnotatorで予測されたRBSをフィーチャーとして登録することができる。
:Reacting Tube (ISB用語) (= 反応チューブ)|
~後述する制限酵素による消化断片として生成された断片DNAファイル、PCR操作の結果生成されたPCR産物DNAファイルは、通常は反応DNAプールに表示されます。このアイコンをクリックすると編集DNAプールのDNAファイルと同様にアクティブとなり、塩基配列およびフィーチャーマップが表示され、様々処理を実行可能となります。一方、それまで編集DNAプール領域でアクティブであったDNAファイルはインアクティブとなります。Old Name=Edit Pool

::反応チューブからの配列ファイルの取り除き|
~反応プールに表示されているDNAファイルのアイコンを右クリックするとプルダウンメニューが表示されます。そのメニューからREMOVEをクリックすると、そのDNAは反応DNAプールから取り除かれます。ファイルとしては、指定されたディレクトリに保存されているので、ファイル自体を消去する場合は、各OSの削除機能を使用します。

::反応チューブから編集プールへの移動|
~反応DNAプールに表示されているDNAファイルのアイコンを右クリックするとプルダウンメニューが表示されます。そのメニューからLoad to Edit Poolをクリックすると、そのDNAファイルは編集DNAプールに移動し、かつACTIVEとなります。
:Rearrangement|再配置
::Genome Rearrangement|ゲノム再配置
:::Genome Rearrangement Map|ゲノム再配置マップ。IMCに実装されている。複数のゲノム染色体間の再配置の状況を図示する。。[[機能・操作説明へ>IMC_GenomeRearrangementMap]]

:Reference|
::Reference Pool (ISB用語) (= 参照プール)|
::Reference DNA Pool (ISB Nomenclature) |Old Name. Changed to Reference Pool
:Reference Genome Map (ISB用語) (= 参照ゲノムマップ)|
:RefSeq|NCBIにて独自に注釈を付加した配列データベース。UCSCのGoldenPathも参照せよ。
:Restriction Enzyme|制限酵素。
:Reverse|
::Reverse Complement|
::Reverse Strand|
:rnaCluster|USCSの提供するデータベース。生物種別のESTやmRNAをクラスタリングした結果得られる遺伝子領域を示す。Exon,Intron境界は示されない。
*** &aname(S){S}; [#be366892]
:SAM/BAM|SAMToolの出力フォーマット。BAMはバイナリ形式。
:SCF|(Standard Chromatogram Formatの略)。DNAシーケンサファイルの標準フォーマット。波形を表示するための情報を格納できる。ABI Format参照。IMCではこの形式のファイルを読み込み、フィーチャーマップに表示できる。
:Scaffold|何らかの方法により位置関係を決定されたコンティグ群
::Scaffolding|GT(GenomeTraveler)の機能。大量のContig配列をShort Read配列を使って、より大きなScaffoldに結合する。
::SCF Format File|SCF形式のファイル。シーケンサーファイルの標準。
:Segment|
::Segment Pair|
:::Segment Pair Alignment|
:Self Ligation|1本の直鎖状DNAの両端同士が結合し、環状のDNAを生成することをいう。IMCでは、この反応を実装している。
:Sequence|
::Sequence Folder|塩基配列ファイルを格納するフォルダー。階層的に作成することができる。
:Sequencer|
:Sequence Area|
:Singlet| 別名=Singleton。他のフラグメントとオーバーラップしなかったフラグメントをいう。
:Singleton| 別名=Singlet。
:Skew|スキュー(=歪度)。塩基組成の非対称性をみるために利用される。IMCでは、フィーチャーマップ上および、環状ゲノムマップ上で、Skewを表示・印刷することができる。
::Skew, AT|
::Skew, Cumulative|
::Skew, GC|
:SLIM Search|超高速BLAST型検索用ソフトウェア。ニュージーランドSSL社が開発。日本ではインシリコバイオロジー社が輸入代理店である。[[インシリコバイオロジー社のSLIM Search ホームページ>http://www.insilicobiology.co.jp/Pages/Products/SLIMSearch/SLIM_MainJP.html]]
:Snow Leopard|Mac OSX 10.6
:SNP|
::SNP Detection|
:Source|GenBank/EMBL/DDBJ Feature Keyのひとつ。その生体高分子(DNA、アミノ酸)の由来を示す。1つのDNAが複数の断片からなるキメラ配列の場合には、sourceは複数記述される。
:Split|
::Split Option|
:Start Window|スタート画面。ISB社のソフトウェアでは、起動ウィンドウが最初に表示される。この画面をクリックすると、それぞれのメインウィンドウが表示され、操作を開始できる。
::Start Window, GT|
::Start Window, IMC|
::Start Window, MGG|
:Strand|
::Strand Color|
::Strand, Forward|順鎖。
::Strand, Minus|
::Strand, Reverse|逆鎖。
::Strand, Plus|
*** &aname(T){T}; [#e58a6a60]
:TaxiSpider|ISB社のソフトウェア製品の1つ。生物系統樹から目的の塩基配列およびアミノ酸配列を探索し、NCBIよりその配列をダウンロードすることができる。さらにそこから、IMCを起動することが可能。近日発売予定。TaxiSpider Home Pageへ。
:TestCode|Fickettによる遺伝子領域探索アルゴリズム。IMCに実装されている。
:Text Format|
::Text Format of Sequence|~ヘッダー情報なしの、塩基配列あるいはアミノ酸配列だけからなる形式のファイルです。IMCではシンプルテキストフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示することが可能です。
:Threshold|
::Threshold Value|
:Tiger|Mac OSX 10.4
:Tm|[[Melting Temperatureを見よ>#M]]
:Tool Box|ボタンツールボックスのこと。メインウィンドウのボタンツールボックスは取り外しや、非表示にすることができる。
:Trace|
::Trace Mapping(ISB用語)|キャピラリーシーケンサから出力される波形ファイルをそのまま参照ゲノム上にマッピングする機能。IMCおよびMGGに実装済。
:Tree|
::Tree Node|
:TreeView|インシリコバイオロジー社で開発した、系統樹表示ソフトウェア。
:Trimmed Mean |上下の異常値を除外して平均値を計算する方法。Robustな変換方法のひとつ。
:Trimming (MGG用語)|アセンブルの前に配列品質の悪い領域を取除く処理をいう。
:Trimming (GT用語)|アセンブルの前に配列品質の悪い領域を取除く処理をいう。およびアセンブル対象とするフラグメントを限定することをいう。
:Tube(ISB用語、IMC用語)|別名Edit Poolとも呼ばれる。またの名称Sample Tube。フィーチャーマップの左側のDNAのアイコンが表示される領域を示す。IMCではTubeを各反応の作業領域をして使用している。
::Tube, Sample(ISB用語、IMC用語)|

:T-Vector|TAクローニングに使用される直鎖状ベクター。両3’末端で、1個のチミンが突出している。PCR産物のクローニングに便利。
*** &aname(U){U}; [#n80f0298]
*** &aname(V){V}; [#kdfa5e29]
:Venn Diagram|
*** &aname(W){W}; [#c43e1442]
:Whole|
::Whole Genome|
:::Whole Genome Primer Design|
:Window|
::Annotation Window|
::Clustering Window|MGGのウィンドウの1つ。[[クラスタリング・ウィンドウの機能へ>MGG_WindowClustering]]
::Main Window|IMCの主ウィンドウ。[[Main Feature Windowを見よ>#M]]
::Main Control Window|MGGのメイン制御ウィンドウ。ここからすべてを制御する。
::Option Settings Window|IMC,MGGなどのオプション設定用ウィンドウ。様々な種類がある。
::Reference Genome Map Window|IMCのウィンドウの1つ。参照ゲノムマップを表示する。
::Sample Window|MGGのウィンドウの1つ。[[サンプルウィンドウの機能へ>MGG_WindowSample]]
::Window Approach (=Sliding Window Approach)|ウィンドウアプローチ
:WMF|Windows Meta Fileの略。インシリコバイオロジー社のソフトウェアではこれの拡張版であるEMFを採用している
:Work Area| MGG用語。別名=作業領域。MGGにおける最上位の作業単位。第2位はProject。第3位はAssemble。1つのWork Areaには複数のProjectを登録できる。
*** &aname(X){X}; [#z038adae]
*** &aname(Y){Y}; [#l8a747b3]
*** &aname(Z){Z}; [#ec6154a5]
:Zoom|
::Zoom In|
::Zoom Out|
::Zoom Rate|
*** &aname(N1){1}; [#o1f445b0]
*** &aname(N3){3}; [#s552c52c]
:32-bit|
*** &aname(N6){6}; [#z2a1bf2b]
:64-bit対応Java|
:64-bit対応OS|
::64-bit対応OS, Mac OS X.5 Leopard|
::64-bit対応OS, Windows xp 64-bit|
*** &aname(JA){あ行}; [#yda875ad]
:インシリコ実験|コンピュータ内で行う実験
:インシリコPCR|[[in silico PCRを見よ>#I]]
:インシリコライゲーション|[[in silico Ligationを見よ>#I]]
:ウィンドウアプローチ(=スライディングウィンドウアプローチ)|[[Sliding Window Approachを見よ>#W]]
*** &aname(JK){か行}; [#sd0da45e]
:環状ゲノムマップ|CircularGenomeMapを見よ
:起動ウィンドウ|別名=スタート画面。[[Start Window>#S]]を見よ。
:ゲノム再配置マップ|(=GenomeRearrangementMap)
*** &aname(JS){さ行}; [#na469824]
:参照ゲノムマップ(旧名)|[[Reference Genome Map>#R]]を見よ。
::参照ゲノムマップウィンドウ(旧名)|Reference Genome Map Window 変更後名称 多重ゲノムビューア(Multiple Genome Viewer)
:制限酵素反応ボタン|
*** &aname(JT){た行}; [#b2601a36]
:多重ゲノムビューア(Multiple Genome Viewer)(ISB用語)|
:トリミング|[[Trimming>#T]]を見よ
:トレース波形|
::トレース波形ビューア(=ChartViewer)(ISB用語)|ChartViewerを見よ。
::トレースマッピング(ISB用語)|TraceMappingを見よ。
*** &aname(JN){な行}; [#pdd2c745]
*** &aname(JH){は行}; [#cf665ed2]
:波形アラインメント|トレース波形アラインメント。ABIやSCFフォーマットの配列データを多重トレース波形でアラインメントすること。IMC、MGGにはChartViewerでこれを実装している。[[IMCの波形アラインメント機能詳細>IMC_ABIMapping_TraceViewer]]へ。
:反応チューブ(ISB用語、IMC用語)|IMCメイン画面左側ペインの配列アイコンが表示される領域を示す。ここに配列を置くことにより、制限酵素消化、PCR、ライゲーションなどの反応を操作できることから由来。
:プライマー管理|[[Primer Management>#P]]を見よ
:ベクター登録ボタン(ISB用語、MGG用語)|ベクター配列を登録するためのボタン。
:ベクターチェック実行ボタン(ISB用語、MGG用語)|ベクター配列が存在するかどうかをチェックするボタン
:ヘルプウィンドウ|ISB社のソフトウェアに共通に存在する画面のひとつ。
*** &aname(JM){ま行}; [#udf10718]
*** &aname(JY){や行}; [#ba8ced8a]
*** &aname(JR){ら行}; [#t206c69d]
*** &aname(JW){わ行}; [#b6b6d044]

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