TaxiSpider at a glance

Last Modified: 2013-05-07 (火) 17:30:57
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TaxiSpiderの特徴

  • IMC Version 5.0にバンドルされました。
    • 今後は単体では提供されません。
  • 生物分類系統樹をたどって目的の塩基配列やアミノ酸配列をNCBIからダウンロードできます
    • 専門家にも難しいといわれる、NCBIからの配列情報の入手がとても簡単になります
  • 近縁生物種に、どのくらい配列が登録されているかが判ります

TaxiSpiderの利用方法

  • IMCにバンドルされています。IMCのメニューから起動します。

TaxiSpiderの最新機能

TaxiSpiderの機能

  • Taxonomy Treeを辿って目的のゲノム塩基配列やアミノ酸配列をダウンロードできます。
  • Keyword 検索が可能です。

TaxiSpiderの動作環境

  • Windows xp/7
  • Mac OS X.6以上

TaxiSpiderのダウンロード方法

  • IMCにバンドルされています

TaxiSpiderのインストール方法

  • IMCにバンドルされています。IMCと同時にインストールされます。

TaxiSpiderのライセンス取得方法

  • IMCのライセンスで使用できます。

TaxiSpiderの操作

メインウィンドウの構成

TaxiSpiderの起動と終了

  • IMCメニューバーに起動メニューがあります。
    • メニューバーからTools --> TaxiSpiderを選択します。

最初に

  • TaxiSpiderの最初の使用時に、Taxonomy Tableの設定が必要となります。
    • iSpiderを最初に使用する時には、Taxonomyデータのダウンロードとインストールが必要となります。
  1. 最初の起動時に、Taxonomyデータをダウンロードするか聞かれます。
    • ダウンロード・インストールしないとTaxiSpiderを使用できません。
  2. Taxonomyデータをインストールするディレクトリを指定します。
    • ダウンロードとインストールに数時間かかります。
    • 実行中はプログレスメッセージが表示されます。
    • Taxonomyデータのインストールが完了すると、rootが作成されます。

TaxiSpiderチュートリアル

  • TaxiSpiderを使って、Bacillus subtilis subtilis 168の全ゲノムGenBankファイルをダウンロードする。

用語集


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