PV Version Up History Version 1.0

Last Modified:2017-11-22 (水) 17:55:06
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PV1.1.18 2017/11/21

  1. 探索パス結果からのパスウェイ追加手続きに関する不具合
    • Bug #2077 探索パス結果からパスウェイを追加すると、ノードおよびエッジ選択によるポップアップメニューが表示されなくなる
    • Bug #2078 化合物IDにハイフンが含まれている場合、パスウェイ探索および探索結果の追加手続きが行えない

PV1.1.17 2017/11/17

  1. 探索パス結果からのパスウェイ追加手続きについて
    • Bug #2064 BML Mappingにてエラーとなる
    • ここで表示したい反応は、全反応を表示して、そこから選択するのではなく、
      • 「From」の場合は、その化合物がReactantとして含まれる反応を全部リストアップし、
      • 「To」の場合は、その化合物がProductとして含まれる反応を全部リストアップします。
      • 反応がReversibleの場合は、どちらのリストにも含まれます。
      • リストには、そのモデルにすでに存在する反応は「赤」で表示します。
  2. Nodeの表示がボタンによって変わる
    • Bug #2071 Nodeの表示がボタンによって変わる
    • 仕様を変更。
      • Option Setting の Node Attributes/Edge Attribute/Group Attributeにてcustomizeが選択されている場合にはその設定を優先させます。
      • ただし、 描画モードが [with Original Color]の場合にはオリジナル描画を優先させます.
  3. EdgeのArrow表示
    • Modify Spec #2072 EdgeのArrow表示
    • EdgeのArrow表示は、Source Arrow, Target Arrowの2つを設定するのではなく、
      • 反応がReversibleの場合は、Bi Direction Arrow,
      • Reversibleでない場合は、One Direction Arrowとする(自動設定)。
      • アローの形状は指定可能とする。

PV1.1.16 2017/11/10

  1. SBMLファイル変換コマンド
  2. SBMLデータを追加
  3. SBMLマッピングツールに関する不具合の修正
    • 複数選択実行時に、実行中のまま処理が終わらない事がある問題への対策。
      • (JAVAのメモリ不足による)
      • 不要なメモリを解放
      • SBMLファイルの読み込み回数を減らす
      • ファイル入出力に対するマルチスレッド対策
      • スレッド数の制限
  4. SBMLマッピングツールに関する改良
    • エッジの描画色を変更
      • 実線: 黒 - RGB[ 0, 0, 0] #000000
      • 点線: 灰 - RGB[192,192,192] #c0c0c0
  5. 2つのSBMLマッピング結果を比較するツールを実装
    • メインウィンドウのToolsメニューに「Diff SBML mapping results...」を追加しました。
      • 現バージョン (version 1.1.16) 以降のSBML Mappingツールの結果ファイルが対象
      • 比較する2つのファイルは同じパスウェイマップ(テンプレートXGMML)を指定してSBMLマッピングされたものでなければなりません。
  6. 探索パス結果からのパスウェイ追加手続きエラーへの対策
    • ネットワーク、ノード、エッジの属性情報のテーブル表示機能組み込み処理との連動で不具合があり、修正しました。
  7. 探索パス結果からのパスウェイ追加、SBMLの改変手続きの手順について
    1. SBMLマッピングを実行して結果XGMMLファイルを読み込みま
    2. 化合物のノードをマウス右クリックしてポップアップメニューより[Search Pathway]を選択してパスウェイ探索を実行実行
    3. 探索結果よりPathway項目(反応ID)を1つ選択して「Add」ボタンをクリック
    4. Insert Pathway実行画面にて実行オプションを設定後、「Run」ボタンをクリック
    Layout type
    追加Pathwayマップ作成用レイアウトを選択
    1. ForceDirected?
    2. FR
    3. ISOM3D
    4. ISOM
    5. JUNGSpring
    6. Sugiyama
    7. Grid ・・・ (Default)
    Insert node type
    2項目のうちいずれかを選択
    Use existing node
    既存のノードがある場合はそのノードを使用します (Default)
    All add new node
    新規パスノードを全て新規ノードとして追加登録します(ただし、起点となる化合物ノードは除く)
    1. 実行すると、追加されたマップ(XGMML)が新たに作成されて表示されます
    2. 確認ダイアログにより、Export SBML file?と聞かれますので、「はい」を選択すると改変されたSBMLファイルを保存する事ができます。

PV1.1.15 2017/10/26

  1. ネットワーク、ノード、エッジの属性情報のテーブル表示
  • 選択したノード/エッジのみをテーブル表示
  • (未選択の際には全ノード/エッジをテーブル表示)
  • テーブル選択項目からのノード、エッジの選択も可能です。
    • 「Node Table」のテーブル項目を選択後、
      • マウス右クリックでポップアップメニューより「Selected nodes from selected rows」
    • 「Edge Table」のテーブル項目を選択後、
      • マウス右クリックでポップアップメニューより Selected edges from selected rows」

PV1.1.14 2017/10/20

  1. ネットワーク、ノード、エッジの属性情報のテーブル表示
    • メインウィンドウの「View」メニューより「Show Table Panel」を選択でテーブル表示します。
  2. パスウェイマップデータ(for SBML Mapping) の再構築
    • 最新版(2017/10/16)Pathway Dataのダウンロード更新手続きに伴い、SBML Mapping用のパスウェイマップデータを再構築しました。

2017/10/06

  • Pathway Data

PV1.1.11 2017/09/22

  1. KEGG KGMLファイルダウンロード用ツールの実装
    • メインウィンドウのToolsメニューに「Download KGML...」メニューを追加。
      • KEGG Organism Code (eco/hsa/mmu/sce等)を指定して関連するパスウェイマップリストを作成し、指定フォルダにKGMLファイルをダウンロードします
  2. KGML to XGMML変換ツールに関する不具合の修正と改良
    • KEGG KGMLファイルダウンロード用ツールを使ってダウンロード入手したKGMLファイルで一部のファイルで変換に失敗してしまう不具合を修正いたしました。
    • 例) エントリに複数の化合物IDが記述されている場合
  3. ロギングに関する改良
    • 複数のKGMLファイルを指定実行した際、1つでもエラーがあると、エラー終了となり、正常に変換されたXGMMLファイルが読み込まれない問題に対してエラーメッセージを表示後、正常に変換されたXGMMLファイルについては読み込まれるようにしました。

PV1.1.10 2017/09/15

  1. グループノードの描画に関する改良
    • (改良前)
      • ズームアップにより、一定のファクターでグループノードのラベル文字を非表示
    • (改良後)
      • ズームアップにより、一定のファクターでグループノードそのものを非表示
    • ※一定のファクターによる非表示の条件は以下の通りです。
      • 「描画対象となるノード数がグループのノード数よりも少ない場合」
  2. 履歴メニューを追加
    • 「Help」 - 「History」 メニューを選択することで履歴リストからの実行ログの閲覧が可能
  3. KGML to XGMML変換ツールの改良
    • 化合物名および反応名の設定。
      • ノードのラベルリストから「name」を選択した場合には化合物名を、
      • エッジのラベルリストから「rname」を選択した場合には反応名が表示されるようにする。
  4. ロギングへの対応

PV1.1.09 2017/09/13

  1. オプション設定画面の変更
    • Node Attributes / Edge Attributes / Group Attributesの各項目毎に original/defineの設定があるが、 全てoriginal か custom の2通りの設定とする。
    • 語句「define」を「customize]に変更。
  2. パスウェイマップ描画にする不具合への対応
    【現象】
    eco_selection18.xgmmlを読み込んだ場合、エッジが描画されない。
    【現象】
    制限パラメターの制御に引っ掛かったため。
    【対応】
    制限パラメータの設定値を規定値の2倍から8倍に変更しました。
  3. パスウェイマップデータ(for SBML Mapping) の再構築
    • KGML to XGMML変換手続きに関する改良(グループ化対応)した事から、
      • SBML Mapping用のパスウェイマップデータを再構築しました
  4. 共通ノード探索に関する不具合の修正
    • 2回目以降の共通ノード探索時に誤りの警告メッセージが表示される
    • 共通ノードリスト画面「Join」ボタンからの結合(JoinXGMML)処理の際、結合結果XGMML保存ディレクトリが履歴保存されない

PV1.1.07 2017/09/08

  1. pathview用のパス検索ライブラリの組み込み
    • パス検索ライブラリを組み込みました。
    1. SBMLマッピングを実行して結果XGMMLファイルを読み込みます
    2. 化合物のノードをマウス右クリックしてポップアップメニューより[Search Pathway]を選択して 以下のメニューを選択
      • (カテゴリ1)
      All Reactions
      全反応からの検索
      Exclude Reactions
      SBMLファイルに含まれる反応を除きます
      • (カテゴリ2)
      Search pathway from
      Speciesに入ってくるパスの検索
      Search pathway to
      Speciesから出ていくパスの検索
    3. 探索実行画面が表示されます
      • パス数を4以上にする
      • パス検索から除外する化合物のチェックを外す
      • 上記2点の設定による検索は時間がかかり、且つ、結果数が膨大になるので注意してください。
  2. 反応エッジのマウス選択による削除とSBMLの改変手続き
    1. 反応エッジをマウス選択
    2. マウス右クリックしてポップアップメニューより以下のメニューを選択
      • 「Delete」- 「Delete xxxxx(反応ID)」
    3. 実行すると、選択された反応削除されたマップ(XGMML)が新たに作成されて表示されます
    4. 確認ダイアログにより、Export SBML file?と聞かれますので、「はい」を選択すると改変さらたSBMLファイルを保存する事ができます。
      • 保存したSBMLファイルをSBML Editorで読み込んだ場合、削除された反応はコメントアウトされた反応として表示されます。
  3. 探索パス結果からのパスウェイ追加について
    • 現在、まだ実装中であり、完成してません。
  4. 上記の機能につきましては SBMLファイルの編集が伴うものであるため、
    • SBMLマッピングを実行して作成されたXGMMLファイルを読み込まないと、メニュー選択できません。

PV1.1

PV1.0.28 2017/07/12

  • Flux Mapping ツールの改良
    • 1つのIDに対して、複数のValueを持つCSV(JSON)ファイルに対応しました。
  • 各種ツールの実行画面に「Dir」ボタンを追加
    • 「Dir」ボタンをクリックしてディレクトリを指定すると、指定したディレクトリ 以下に格納されている入力ファイル候補となるファイル全てがファイルリストに表示さ れます。
    • 過去に表示されていた項目はクリアされます。
    • 指定ディレクトリ以下に格納されているファイルのみが対象です。
    • (再帰的なファイル検索はおこなっておりません)
  • 各種ツールの実行画面でのマウスによるドラッグ&ドロップ対応(改良)
    • 入力ファイルリスト項目(テーブル)に対してファイルまたはディレクトリの ド ラッグ&ドロップにより追加指定ができます。
    1. ファイルのドラッグ&ドロップ
      • 単一ファイル、複数ファイルのどちらでも可能です。
      • 指定されたファイルが入力ファイルとして適切でない場合(フォーマット チェック)、 入力ファイル項目に追加されません。
    2. ディレクトリ(単一指定のみ)にドラッグ&ドロップ (追加)
      • 「Dir」ボタンをクリックしてディレクトリ指定をする操作と同し操作となり ます。
      • 単一のディレクトリの複数指定には対応しておりません。
  • コメント
    • PathView?のdataフォルダ下にあるXGMMLデータはまだ更新できていないため、現状で はXGMMLファイルを読み込んでもグループラベルは表示されず、KGML to XGMML変換ツー ルを使ってKGMLファイルをXGMMLファイルに変換して出されるXGMMLファイルを読み 込む事でグループラベルは表示されます。
    • また、KGMLからXGMMLに変換したXGMMLファイルJoinXGMMLツールで結合して出力 されるXGMMLファイルを読み込んでもグループラベルは表示されます。
    • マッピング結果のグループラベル表示につきましてはまだ未対応です。
  • Group Node
    • グループを作成すると、グループ名がタイトルとなるグループノードが生成されますが、 そのグループノードをマウスクリックして選択した状態としてからマウス右クリックする とポップアップルメニューが表示されます。

PV1.0.24 2017/06/30

  • Flux Mappingに関する改良
    • Flux描画モード時のノードの形状とエッジの線種をFlux Valueが定義されている場合と未定義の場合でそれぞれ選択できるようにしました。
    • Flux描画モード時の矢印の形状を選択できるようにしました。
    • Flux Mappingに関するオプション設定
    1. 「Setting」 - 「Option Settings」 メニューを選択
    2. Option Dialog にて 「Flux Mapping」タブを選択

PV1.0.23 2017/06/30

  • エッジ矢印の調整
    • エッジ矢印(ARROW_DELTA)の傘の開き具合を少し大きくしました。

PV1.0.22 2017/06/30

  • Flux Mappingに関する改良
  • Flux描画モードがONの場合、以下のように描画します。
  1. エッジに対して矢印を描画
    • reversible の場合
      • 両方向(source/target)に矢印を描画
    • unreversible の場合
      • 片方向(target)にのみ矢印を描画
  2. Flux Valueが未定義の場合は判別できるように別描画
    • Node Flux (Compound)
      • 定義: 形状を円(ELLIPSE)とします
      • 未定義: 形状を三角(TRIANGLE)とします
    • Edge Flux (Reacion)
      • 定義: 線種を実線(SOLID)とします
      • 未定義:線種を点線(LONG_DASH)とします

PV1.0.20 2017/06/29

  • Flux Mappingに関する改良
    • node(comoound)用とedge(reaction)用のFluxの値をインポート可能とする
      • node用 CompoundのFlux値(※濃度)
      • edge用 ReactionのFlux値
      • node(compound) のFlux値でノードのサイズ(Shapeサイズ)を変更
      • edge(reaction) のFlux値でエッジの線の幅を変更
    • 描画方法の変更
      • カラー選択による描画切り替えとは別にFluxの可視化をオン/オフで切り替えます
    • タイマーアクションによる描画
      • 2つ以上のJSON入力ファイル指定された場合、タイマーにより
      • インポートされたJSONファイル別にFluxの値を切り替えて描画します
  • SBML Mapping/Flux Mappingの入出力ディレクトリのデフォルト値の設定
    • 以下のディレクトリを入出力ディレクトリのデフォルト値とする
      • data/mapping
      • SBML Mappingの出力ディレクトリ
      • Flux Mappingの入力ディレクトリ
  • CSV to JSON 変換ツールの追加
    • CSVファイルからJSONファイルへの変換ツールを用意しました。
    • 先頭行のヘッダは以下のようにしてください
      • id,value
      • id : Compound ID / Recation ID
      • value : Flux Dsitribution
      • 例)data/json/csv2json_compounds.csv
      • id,value
      • "C01159",1
      • "C16255",2
      • "C00186",3
      • "C00236",4
      • "C00111",5
      • …….

PV1.0.18 2017/06/28

  • Ver. 1.0.17は、SBML mapping to XGMMLで最初からGrid Layoutになります。
    • 通常のLayoutに戻せません。
    • Grid Layoutは使用しないので、メニューから外し、Grid Layoutにならないようにしてください。

PV1.0.15 2017/06/23

  • Bug Fix

PV1.0.14 2017/06/20

  • Bug Fix

2017/05/02

  • 描画方法を変更(ノードは「Compound」、エッジは「Reaction」)
  • ツールチップ表示
  • マウス操作方法について一部変更
    • 左ボタンによるドラッグ:矩形選択
    • 右ボタンによるドラッグ:ズーム
    • 第3ボタン(ホイール)によるドラッグ:移動
  • オプション設定ファイルを削除のお願い
    • 新しいバージョンの`PathwayViewer?を起動する前にオプション設定値(デフォルト 値)変更のため、既に作成されているオプション設定ファイル(pathview.dat)を削除してください。
    • 起動後、新しいpathview.datが作成されます。

2017/04/27

  • SBM Mapping テンプレート用XGMML ファイルをインポートして描画
    • 20170427_PathView_Usage001.docx
    • 20170427_PathView_Usage001.pdf
  • SBM Mapping を実行して実行結果を描画
    • 20170427_PathView_Usage002.docx
    • 20170427_PathView_Usage002.pdf

2017/04/26

  • オプション設定の変更が正しく反映されない不具合を修正しました。
    • オプション設定におけるツールチップ表示機能に関してはまだ未実装です。

2017/04/26

  • Dataフォルダの下のpathwaymapサブフォルダの下にテンプレートとなるXGMMLファイルがあります。
  • GSMGeneratorの出力結果SBMLファイルとテンプレートとなるXGMMLファイルの組み合わせで
  • SBML Mappingした結果のXGMMLファイルを読み込む事でパスウェイ別のカラー表示ができます。
  • テンプレートとなるXGMMLファイルを直接読みこんでもパスウェイ別のカラー表示可能です。
  • SBML MappingはToolsメニュー「SBML Mapping to XGMML…」を選択して実行します。

2017/03/27

  • 起動方法ですが、Windowsの場合、ZIPファイルを解凍展開後、「bin」サブフォルダにあるpavhiew.batファイルを実行してください。
    • XGMMLファイル読み込みのみが可能です。
    • 他のフォーマットによる読み込みや、ファイルへの書き込みは不可です。
  • とりあえず、以下の機能を実装しています。
    • ズーム関連の機能
    • 鳥瞰図の表示
    • 選択したノード・エッジの可視化、非可視化
  • 現在、Print機能およびChange Visual Propertyの機能を実装中です。

PV 1.0


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Last-modified: 2017-11-22 (水) 17:55:06 (209d)