ISBソリューション一覧

Last Modified: 2013-05-07 (火) 17:30:49

「インシリコバイオロジー社のソフトウェアで何ができるか?」についてキーワード別に記述されています。

Introduction 
Alphabetic A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z
Numeric 1 6
Japanese Characters
あ行
か行
さ行
た行
な行
は行
ま行
や行
ら行
わ行

Introduction

「インシリコバイオロジー社のソフトウェアで何ができるか?」について記述されています。キーワードの見出語があり、その下に、インシリコバイオロジー社のソフトウェアによるソリューションが記述されています。

  • HP1 は、インシリコバイオロジー社の第1ホームページの記述へのリンクです。
  • Sol は、インシリコバイオロジー社の第2ホームページのSolution記述へのリンクです。
  • Prtcl は、インシリコバイオロジー社の第2ホームページのProtocol記述へのリンクです。
  • Wiki は、インシリコバイオロジー社のWiki in silicoの記述へのリンクです。
  • HELP は、各ソフトウェアのヘルプのPDFファイルダウンロードサイトへのリンクです。

A

ABI
ABI波形ファイル
ABI波形ファイルを参照ゲノム塩基配列上にマッピングして、その変異部位とその波形アラインメントを表示する。
ABI波形ファイルを読み込んで、一般的な配列解析を実行する。

B

BAM
BAM形式ファイルをインポートして、参照ゲノムへのNGSマッピング結果を表示する。
BED
BED形式ファイルをインポートして、フィーチャーマップを表示する。

C

CSFastA
CSFastAファイルを参照ゲノム塩基配列にマッピングする。

D

DotPLot

E

F

Feature

G

H

I

J

JSNP
JSNPファイルを参照ゲノム塩基配列上にマッピングして、SNP箇所を新規フィーチャーとして登録する。

K

L

Layout
Layout, Feature ... Style
Local
Local Genome Rearrangement Map

M

Mapping

N

O

P

PCR
Primer
Primer Design
ゲノムの全CDSをそれぞれ増幅するPCR Primer Setを一度に設計する
Plasmid Map
Plasmid Map Color
プラスミドマップの特定のフィーチャーだけ別の色で描画する方法

Q

QV (Quality Value)
QV Filtering

R

Restriction Enzyme

S

SNP
参照ゲノムへのマッピング結果からのSNP同定
混合アセンブルからのSNP同定
2種の近縁種ゲノムの混合アセンブル結果からSNPを抽出します。
JSNPのインポート
dbSNPのインポート
SOLiD

T

U

V

W

X

Y

Z

4

7

あ行

塩基配列

か行

環状ゲノムマップ

機能分類
機能分類コード
注釈済みゲノムを対象に、キーワード検索を実行し、検索されたフィーチャーに対してその遺伝子機能分類コードを一括設定する。

さ行

参照ゲノム|

  • 次世代シーケンサ

制限酵素
制限酵素によってGenBank形式の塩基配列ファイルを切断する
制限酵素認識部位
制限酵素認識部位を独立したレーン上に描画する。
制限酵素認識部位を指定したフィーチャーレーン上に他のフィーチャーと混在させて描画する。
制限酵素認識配列
Primer配列に制限酵素認識配列を付加する。
  • 制限酵素によるDNA塩基配列の認識部位検索
  • DAM/DCMによる非切断部位の表示
  • 制限酵素認識部位のマップ表示
  • 制限酵素認識部位のフィーチャーとしての登録
  • 制限酵素によるDNA塩基配列の消化切断(注釈付)
  • 平滑化:Blunting
  • 制限酵素消化断片のゲル電気泳動
  • インサートチェックに最適な制限酵素の探索
  • T-Vectorの生成

た行

な行

は行

パスウェイ
注釈付き全ゲノム塩基配列から代謝・転写制御パスウェイを描画する。

ま行

マッピング
マッピング、次世代シーケンサ配列の...
マッピング、ABI波形ファイルの...

や行

ら行

配列操作

配列を入手する

配列を保存・格納する

配列を編集する

配列を解析する

塩基配列ファイル保存・書き出し

  • GenBank/EMBL形式ファイル
  • FastA形式ファイル
  • DDBJ形式大量塩基配列登録ファイル

フィーチャーマップ描画・閲覧・操作・印刷

フィーチャーキー登録

  • フィーチャーキー新規登録
  • フィーチャーキー属性の変更
  • Qualifierの指定変更
  • フィーチャーキーの削除(必須フィーチャーは削除できません)

フィーチャー登録

  • CSV形式のフィーチャーファイルからのマッピング
  • Glimmerによる遺伝子同定結果のフィーチャーマッピング
  • GeneScan?による遺伝子同定結果のフィーチャーマッピング
  • tRNAScan-SEによるtRNA同定結果のフィーチャーマッピング
  • 旧GenomeGAMBLERの遺伝子同定結果のフィーチャーマッピング
  • XanaGenomeの遺伝子同定結果のフィーチャーマッピング

フィーチャー操作

  • フィーチャー新規登録、変更、削除
  • フィーチャーのQualifier変更
  • フィーチャーへの文献ファイルの付加・閲覧
  • フィーチャーへの立体構造ファイルの付加・閲覧
  • フィーチャーの形状、カラー、描画位置変更

配列付フィーチャー操作

  • 領域指定配列付フィーチャーコピー機能
  • 配列付フィーチャーペースト機能
  • 任意のフィーチャー領域の核酸配列のクリップボードへのコピー機能
  • 任意のフィーチャー領域のアミノ酸配列のクリップボードへのコピー機能
  • フィーチャーマップ上の任意の領域の塩基配列をFastA形式でファイル出力機能

フィーチャーマップ描画・操作・印刷

  • ワイドレンジズーム・スクロール
  • ジャンプ機能
  • フィーチャーマップ反転機能
  • フィーチャーカラー表示
    • 相同性スコア等によるカラー分類表示
    • カテゴリによるカラー分類表示
    • EC番号によるカラー分類表示
    • 任意の分類体系によるカラー分類表示
  • フィーチャーラベル表示
    • 任意のQualifierをラベルとして表示
    • 任意のラベルを付加
  • フィーチャーマップの印刷
    • PDF, EWF, PNG

フィーチャー検索

  • フィーチャーキー検索
  • フィーチャー注釈(内容)検索
    • キーワード検索
    • カテゴリ検索
    • 分類コード検索
    • 操作履歴検索

参照ゲノムマップ

  • フィーチャーマップとの連動機能
  • フィーチャーマップとの相同性検索機能
  • 表示ゲノム入れ替え機能
  • フィーチャー表示カスタマイズ機能

配列解析

配列逆相補機能

キーワード検索

  • 任意のQualifier値をAND/OR検索
  • 検索結果のみをフィーチャーマップに表示する機能

配列パターン検索

  • 配列パターン登録
  • 配列パターンの直接入力による登録
    • 配列パターンのファイルからの一括登録
  • 配列パターン検索
    • 登録済みパターンから
    • パターンを直接入力(コピーアンドペースト)
  • 配列種類指定
    • 核酸配列
    • アミノ酸配列
  • 探索するStrand指定
    • 両Strands
    • Forward Strand
    • Reverse Strand
  • ミスマッチ検索
    • Exact Match
    • One Base Mismatch
    • Two Base Mismatch
  • CDS/RNA上のアミノ酸配列検索
  • 領域指定探索
    • 遺伝子上
    • 遺伝子間領域
    • 遺伝子上流・下流指定塩基以内
  • 検索結果から該当パターン位置のフィーチャーマップを直接表示
  • 検索結果をフィーチャー登録
  • 検索結果をファイル保存
    • CSV形式
    • FastA形式

配列相同性検索

  • BLASTによる相同性検索
  • SLIM Searchによる相同性検索(別売ソフトウェアが必要)

配列マルチプルアラインメント

  • ClustalWを使用するマルチプルアラインメント

配列組成解析

  • フィーチャーマップに表示されている領域の下記の組成プロファイルをグラフィカルに表示できます。
    • GC/AT Content
    • 単一塩基組成プロファイル
    • GC/AT Skew
    • Cumulative GC/AT Skew
    • FickettによるTestCode?解析プロファイル
  • フィーチャー別に、組成データをCSV形式でファイル出力できます。

ORF解析

  • GC含量、GCスキュープロファイルの表示
  • 原核生物ORF候補抽出
  • 開始コドンの変更
  • SD配列の登録と表示
  • ORF領域のアミノ酸翻訳

コドン解析

  • 全CDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示、ファイル出力可能です。
  • 特定の領域に存在する複数のCDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示、ファイル出力可能です。
  • 特定の1つのCDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示、ファイル出力可能です。
  • コドン使用頻度表:Codon Usage

塩基配列組成・フィーチャー・コドン統計

  • フィーチャー数カウント・フィーチャー位置リスト表示
  • フィーチャー別塩基組成・コドン統計

クローニング関連

プライマー設計

  • 塩基配列をドラッグしてPCR Primerとして登録
  • 指定領域を増幅するPCR Primerセット自動設計
  • ゲノム上の指定フィーチャー全部を増幅するPCR Primerセット自動設計
  • ゲノムを等間隔で増幅するPCR Primerセット自動設計
  • PCR Primer管理
  • PCR Primerへの変異導入
  • PCR Primer末端へのタグ配列付加

PCRの実行

  • 1塩基突出末端の生成
  • 脱リン酸化・リン酸化

制限酵素関連

ライゲーション

  • セルフライゲーション
  • 2つのDNA断片のライゲーション
  • TAクローニング:TA Cloning

プラスミドマップ描画・印刷

  • インサートを吹き出しにしたプラスミドマップの作成
  • プラスミドマップの印刷
    • PDF, EMF, PNG

ラボノート機能

  • インシリコ実験操作自動記録機能
  • 記録選択表示機能
  • 記録印刷機能

アミノ酸解析

アミノ酸プロファイル解析

  • 親水性指標
  • 疎水性指標
  • 表面性指標
  • アミノ鎖柔軟性指標
  • 極性基指標
  • 分子量指標
  • 二次構造指標
  • 重み付け総合指標の作成機能
  • Motif表示機能

ゲノムDNAへのマッピング

cDNAマッピング

  • 多数のFastA形式のcDNA塩基配列ファイルを由来するゲノム上にマッピングし、新たなフィーチャーとして登録することができます。
  • ゲノム塩基配列上へのcDNA塩基配列ファイルマッピング
  • 複数のゲノム塩基配列からマップできる配列を探索するcDNAマッピング

シーケンシングファイルマッピング

  • シーケンサーから出力されたファイルをそのままIMCにインポートし、由来するゲノム上にマッピングおよびフィーチャー登録することができます。
    • ABI/SCFファイルのマッピング
    • マップされた塩基配列の多重併置(マルチプルアラインメント)表示
    • マップされたABI/SCFファイルの多重波形表示

SNPsファイルマッピング

  • SNPsの塩基配列ファイルを由来するゲノム上にマッピングすることができます。
    • JSNPファイルのマッピング

アノテーション機能

データベース作成

  • BLAST検索用DBの作成
  • SLIM Search検索用DBの作成
  • 外部のサーバで相同性検索を実行するためのクエリー配列準備
  • 外部のサーバで実行したBLASTの結果をインポート

バッチホモロジー検索機能

  • 全ゲノム領域自動ホモロジー検索
  • 任意の指定領域自動ホモロジー検索
  • 未検索フィーチャーのみの自動ホモロジー検索
  • 指定Qualifierの注釈自動転記機能

手動アノテーション機能

  • Feature Descriptionの表示
  • Homology Search結果の表示
  • 配列表示のカスタマイズ
  • Start Codon候補の表示・変更
  • SD配列(RBS)の表示
  • CDS領域表示のカスタマイズ

全自動アノテーション機能

  • 自動アノテーションサーバの設定
  • 自動アノテーションの実行

アノテーション整理機能

  • 不必要Qualifierの除去処理
  • DDBJ大量塩基配列登録用ファイル作成

比較ゲノム関連

多重参照ゲノムマップ

  • 多重参照ゲノムマップ機能と操作一覧
  • 複数の染色体のフィーチャーマップを併置
  • スクロール・ズーム
  • フィーチャーマップ・多重参照ゲノムマップ間の相同性検索とフィーチャーアラインメント
    • 核酸配列でのアラインメント
    • アミノ酸配列でのアラインメント
  • 各染色体の表示列を移動
  • 多重参照ゲノムマップの印刷

環状ゲノムマップ

  • 環状ゲノムマップ機能と操作一覧?
  • 複数の注釈付染色体塩基配列の任意のフィーチャーを表示
  • 表示順序変更
  • 複数の染色体塩基配列の任意のコンテント・スキューを表示
  • 指定した条件に一致するFeatureのみの表示
  • 環状ゲノムマップの印刷

ゲノム・リアレンジメントマップ

  • ゲノムリアレンジメントマップの機能一覧?
  • 複数の染色体間の領域別塩基相同性によるマップ
  • 複数の染色体間の領域別アミノ酸相同性によるマップ
  • 解析結果をCSVファイル出力
  • ゲノム・リアレンジメントマップとフィーチャーマップ、レファレンスマップの連動

ベン図:Venn Diagram

  • ベン図機能と操作一覧
  • 3つの近縁種ゲノム間の共通CDSの数を3つの円とそれぞれの円の共通領域で表示する

ドットプロット:DotPlot

  • ドットプロット機能と操作一覧

反復配列の検出

  • 反復配列の検出機能と操作一覧

非相同領域の検出

  • 非相同領域の検出機能と操作一覧

KEGG PATHWAY表示

  • KEGG PATHWAY機能と操作一覧

タイリングアレイ関連

タイリングアレイプローブ設計

  • Agilent Simple Format
  • Agilent Format
  • CSV Format

プローブマッピング

  • Affymetrix Probeマッピング
  • Agilent Probeマッピング
  • Nimblegen Probeマッピング
  • SLIM SearchによるProbeマッピングの高速化(別売ソフトウェア必要)

アレイファイルインポート

  • Affymetrix CELファイルインポート
  • Nimblegenファイルインポート

アレイ内データ補正

  • 発現強度値分布グラフ表示
  • 発現強度値累積分布グラフ表示
  • PM - MM 変換
  • 全域Trimming(順位、比率、発現強度)
  • 塩基配列ウィンドウ内トリミング(順位、比率)
  • プローブ数ウィンドウ内トリミング(順位、比率)
  • 平均値・中央値移動
  • 補正計算順序変更自由
  • 補正計算セットのコピーアンドペースト

アレイ間データ補正・アレイ間演算

  • アレイ間重み付け四則演算
  • アレイ間平均値計算

発現強度値プロファイル表示

  • 最大6系列(順鎖6系列、逆相補鎖6系列)までのプロファイル同時並行表示
  • 逆相補鎖プロファイルの順鎖プロファイルへのオーバーレイ
  • アブノーマル値プローブの可視化(不可視化)
  • ズーム・スクロール
  • フィーチャーマップと並行して印刷
    • PDF, EMF, PNG

エラープローブリスト表示

  • エラープローブリスト表示機能
  • エラープローブリストCSVファイル出力機能
  • エラープローブからのフィーチャーマップ、プロファイル移動機能

プローブレベルから遺伝子レベルのデータ変換

  • CDSフィーチャー上やCDS間にマッピングされるプローブの発現強度をトリム集計

遺伝子レベル発現強度クラスタリング

  • 遺伝子上発現強度および遺伝子間発現強度でのクラスタリング
  • 発現強度値の対数変換
  • アレイ別遺伝子別発現強度マトリックスの描画
  • マトリックスのピクセル表示
  • 発現強度段階の自動カラー設定
  • クラスタリングツリーの描画
  • マトリックスの印刷(PDF,WMF,PNG)
  • 結果の保存と再読込み

設定およびユーティリティ

最新Version確認・ダウンロード・インストール

  • IMCの最新版がダウンロードできる状態にあるか否かを確認する
    • 起動時に自動確認する
    • 任意の時点で手動確認する
  • 確認後、最新版をダウンロードする
  • 確認後、最新版をインストールする

Link

File Check

  • IMCに正しく読み込めるファイルであるか否かをチェックする

圧縮ファイル展開

  • 多数(数万配列)の注釈塩基配列が1つのファイル中に圧縮格納されているケースで、その各配列の注釈から生物種名(Organism)を読み取り、Taxonomyに従いツリー状のディレクトリ(フォルダー)に展開格納する

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