ISB_Nomenclature

Last Modified: 2018-05-28 (月) 14:33:57

Introduction　
Alphabetic　A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z
Numeric 1 3 6
Japanese Characters　あ行 か行 さ行 た行 な行 は行 ま行 や行 ら行 わ行

Introduction †

この用語集は、インシリコバイオロジー株式会社が開発したソフトウェア製品で使用している用語を主にまとめたものです。このため、一般的な用語と若干異なる場合もありますので、ご注意ください。

A †

A.A.(ISB term）

JP: Amino Acidの略。
EN: Abbreviation of Amino Acid.

A.A.Mapping（ISB term）

アミノ酸配列を参照ゲノム塩基配列上に相同性を利用してマッピングする機能。マッピング結果はChartViewerで閲覧できる。

A.A.Profile（ISB term）

蛋白質のアミノ酸の性質を連続的な棒グラフで示したもの。

ABI

Applied Biosystems, Inc.の略。DNAシーケンサーなどの製造を行う企業。

ABI Alignment（ISB term）＝波形アラインメント

ABI Mappingよりゲノムに同一領域にマップされた複数のABIファイルから抽出された塩基配列をアラインメントし、その波形をも表示する機能をいう。ABIファイルがマップされたIMCのフィーチャーマップ上で、マウス右クリックすることにより、実行できる。

ABI Format

ABI社のDNAシーケンサーから出力されるファイル形式。波形を表示するために必要な情報が格納されている。SCF参照。IMCでは、このファイルを直接読み込み、フィーチャーマップに表示でき、波形も表示できる。マッピングにフィーチャーとして登録し、そこから対応する波形（複数）をアラインメント表示できる。

ABI Mapping（ISB term）=Trace Mapping

IMCでは、ABI形式ファイルをゲノム塩基配列上にマッピングすることができる。
詳細説明?

ACE

JP: Phrapアセンブラーの出力ファイルフォーマット。GenomeTravelerで作成、およびインポートすることができる。
EN: The output file format of Phrap assembler. This file can be generated or imported by the GenomeTraveler.

Add

Add buttonのこと (ISB term)

Add button

環状ゲノムマップ用同心円レーン追加
メインフィーチャー用レーン追加
プラスミドマップ用レーン追加

Adjust

Adjust Button

AFG

VelvetによるDeNovo?アセンブル結果ファイル

Affymetrix

DNAマイクロアレイなどの製造を行う企業。

Affymetrix Format File（ISB Nomenclature、IMC Nomenclature）

Affymetrix社のアレイデータのフォーマットを言う。IMCで読み込みできる。

Affymetrix BPMAP

Affymetrix CEL File

Annotation

塩基配列やアミノ酸配列上のフィーチャーに注釈をつけることを示す。

Annotation Window（ISB Nomenclature）

IMCの操作用ウィンドウのひとつ。この画面から相同性検索結果などを参照し、アノテーション作業を行うことができる。

Annotation, Auto

自動アノテーション機能。IMCGE以上に実装されている。

AntigenPredictor?（ISB Nomenclature）

ISB社のバイオソフトウェア製品のひとつ。抗原決定基を予測する。

Assemble（ISB Nomenclature、MGG Nomenclature）

MGGにおける作業単位の第3位。第1位はWork Area。第2位はProject。Assemble単位でアセンブルを実行できる。

Assembler

アセンブル用ソフトウェア。MGG自体にはアセンブル機能はなく、別のソフトウェアとしてのアセンブラーを起動することができる。現在、MGGで登録、起動可能なアセンブラとしては、in silico AssemblerおよびPhrapがある。

Auto

Auto Annotation

See Annotation, Auto

Auto Button

Auto Copy（ISB Nomenclature）

IMCにおいて、ホモロジー検索の結果ヒットしたSubjectから必要な注釈を自動的に転記する機能。自動的にコピーするQualifierを指定できる。

Auto Scroll

B †

BAM

SAMToolの出力フォーマット。BAMはバイナリ形式。

Batch

まとめて実行すること。

Batch Homology Search（ISB用語、IMC用語）

多数のフィーチャーをクエリーとして、まとめて相同性検索を実行する機能を示す。

Batch Primer Design (ISB用語、IMC用語）

多数の領域をそれぞれ増幅するためのPrimer Setを一括して設計すること。

Base

Base Color

BED

フィーチャーファイル形式のひとつ。UCSC Genome Browserで使用されている。

Blast

NCBIで開発された高速ホモロジー検索用アルゴリズム

Blast DB

BLASTを実行するために、必要なデータベース。FormatDBというコマンドを用いて、生成することができる。IMCでは、内部的にこれを生成するので、ユーザーはFormatDBのことを知らなくともデータベースを作成することができる。

Blast Result

Blast Result Mapping (ISB用語）

Blat

UCSCで開発されたBLASTに類似したホモロジー検索ソフトウェア。NCBI BLASTより高速である。

Blunting

平滑化。酵素により、DNAの突出末端を平滑末端にする。IMCでは、この反応を考慮することができる。

Blunting Button(ISB用語、IMC用語)

平滑化反応ボタン。

Border

Border for Low/High

Bridge

C †

cDNA

cDNA Mapping (ISB用語）

IMCのマッピング機能の1種。EST Mappingに名称変更。

CDS

GenBank/EMBL/DDBJ用語。(=CoDing? Sequence)。アミノ酸コーディングシーケンスを示す。

Chain Flexibility

アミノ酸鎖柔軟性判定アルゴリズム。IMCには、プロファイル解析の1手法として実装している。

Chou-Fasman

アミノ酸二次構造予測アルゴリズムの１つ。IMCでは、このプロファイルを描画できる。

ChartViewer（ISB用語）

インシリコバイオロジー社で開発した、多重トレース波形表示ソフトウェア。トレース波形ビューア。IMCおよびMGGで使用される特殊ビューア。シーケンサートレース波形の多重アラインメントを表示、操作することができる。

Circular Genome Map（ISB用語）

環状ゲノムマップ。IMCAEとIMCGEにて描画できる。IMCの機能説明へ?

Classification

Classification Search

ClustalW

マルチプルアラインメント用ソフトウェア。

Clustering

Codon

コドン。アミノ酸１つを翻訳するために必要な３文字の核酸をいう。

Codon Usage (=Codon Frequency)

コドン使用頻度

COG

原核生物用Orthologデータベース。遺伝子の機能分類に使用される。

COG機能分類コード

INFORMATION STORAGE AND PROCESSING

[J] Translation, ribosomal structure and biogenesis 
[A] RNA processing and modification 
[K] Transcription 
[L] Replication, recombination and repair 
[B] Chromatin structure and dynamics 

CELLULAR PROCESSES AND SIGNALING

[D] Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning 
[Y] Nuclear structure 
[V] Defense mechanisms 
[T] Signal transduction mechanisms 
[M] Cell wall/membrane/envelope biogenesis 
[N] Cell motility 
[Z] Cytoskeleton 
[W] Extracellular structures 
[U] Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport 
[O] Posttranslational modification, protein turnover, chaperones 

METABOLISM

[C] Energy production and conversion 
[G] Carbohydrate transport and metabolism 
[E] Amino acid transport and metabolism 
[F] Nucleotide transport and metabolism 
[H] Coenzyme transport and metabolism 
[I] Lipid transport and metabolism 
[P] Inorganic ion transport and metabolism 
[Q] Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism 

POORLY CHARACTERIZED

[R] General function prediction only 
[S] Function unknown 

Color

Color Space

Consensus

Consensus Sequence

Content

Content Map（ISB用語）

組成情報を表示するためのマップ。GC含量、GC Skewなどがある。

Content Profile

Content Range

Contig

２つ以上のフラグメント同士が共通の塩基配列を持つ場合、これらが由来するゲノムの領域が同一であると仮定することにより、１つの結合された配列（コンセンサス配列）をつくることができる。この集合をContigという。１つのフラグメントのみから構成される集合を含めてContigという場合もある。

Contig List

Coverage

Coverage Depth

Coverage Depth Profile

CSFastA

ABI SOLiDのカラースペースデータフォーマット

CSV

Comma Separated Valueの略。

CSV Format File

Excelなどで読み込むことができるテキスト形式フォーマット。IMCやMGGでも、広く採用している。

Cumulative GC/AT Skew

Current Sequence

現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列

Current Sequence Folder

現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列が格納されているフォルダー。このフォルダーに含まれるすべての塩基配列がメモリー上にロードされている。

D †

DAM/DCM　(=DNA Adenine Methylase/DNA Cytosine Methylase)

メチル化による影響で制限酵素消化が阻害されることを示す。IMCではこの影響を判定することができる。DAMはGATCのAdenineをメチル化する。DCMはCCWGGの第2Cytosineをメチル化する。

Delete

Delete Button

de novo

最初から

Description Window（ISB用語、IMC用語）

フィーチャーへの注釈を記述する

Dialog

Dialog, File Selection

Disagreement (ISB用語、GT用語)

不一致

Disagreement List

不一致部位検出リスト

DotPlot

ドットプロット。2種のDNA間の相同領域を二次元グラフ上に、ドットを用いて網羅的に表示する機能。IMCAEとIMCGEに実装されている。IMCのドットプロット機能説明へ?

E †

Edit

Edit Button

Edit Menu

Editing DNA Pool (ISB用語) (= Old Name:編集DNAプール (= 反応チューブに変更))

反応チューブ（旧名：編集プール）には一度に複数のDNA塩基配列データを読み込めます。一度に読み込めるファイル数に制限はありませんが、メモリー容量による限界があります。 読み込み可能なDNA塩基配列データは配列コードのみで書かれたテキスト形式のファイル、FastA形式のファイル、そしてGenBank、EMBL形式のファイルです。 GenBank、EMBL形式のファイルの場合には、そのLOCUS行がチェックされ、CIRCLUARすなわち環状のDNAであれば、環状のアイコンで表示され、以外であれば線状のアイコンで表示されます。それぞれ、DNA塩基配列ファイル名称および塩基配列長が表示されます。そこにマウスを持っていくと、バルーン表示で、そのDNAファイルのSOURCE/ORGANISMに記述された内容が表示されます。 最後に読み込んだDNAファイルがアクティブとなり、塩基配列表示領域および編集DNAフィーチャーマップ表示領域にその内容が表示されます。

EMBL

EMBL Format

EMBLフォーマットはヨーロッパを中心として利用されている同じくテキスト形式の注釈付塩基配列およびアミノ酸配列データ形式を示します。Genbankフォーマットとは若干異なりますが、内容はほぼ同一です。IMCではEMBLフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

EMBL Format File

EMF

Extended Meta Format。画像フォーマットのひとつ。IMCで採用している。マイクロソフトのPower Pointなどで、編集できる。

Expand（ISB用語）

GenBank/EMBLマルチプルフォーマットのファイルをよみ、それぞれの配列エントリーのOrganismによって、学名による系統樹構造を作成し、それぞれ当てはまる個々の配列をシングルフォーマットに変換し、格納することを言う。IMCのExpandボタンで実行できる。

EST

EST Mapping

IMCの配列マッピング機能の一つ。多数のEST配列をエクソン、イントロンを判別してジョイン形式のフィーチャーとして、参照ゲノム塩基配列上にマッピングする。

F †

FastA

FastA Format

注釈なしの核酸やアミノ酸配列に一行のヘッダー情報がついた形式のファイルです。ホモロジー検索のデータベースを生成する場合によく利用されます。IMCではFastAフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んで表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

FastQ

FastQ Format

Feature

生物学的特徴・性質を表現するために定義された具体的存在をいう。 ::Feature Area

Feature Color

Feature Figure

Feature Fusion

Feature Import

Feature, Inherit

変更されたゲノム塩基配列上のフィーチャーを継承することをいう。

Feature, Invisible

Feature, Draw

Feature Labe

Feature, Unlabel

Feature, Delete

フィーチャーの上でマウス右クリックし、表示されるメニューから「Delete Whole Feature」をクリックする

Feature, Temporaly Deleted

IMCのフィーチャーマップ上で一時的に削除されているフィーチャを言う。回復可能。グレーで描画されている。

Feature, Completely Deleted

IMCのフィーチャーマップ上から完全に削除されたフィーチャーを示す。完全削除後は回復できない（ファイルを保存する以前であれば、ファイル保存をキャンセルすることで回復可能な場合がある）。

Feature Key

生物学的特徴・性質を表現するために定義された一般概念をいう。

Feature Key Registration

Feature Key Search

Feature Map (ISB用語)

IMCにて、生体高分子（DNAやアミノ酸）への注釈をFearture Keyという概念を用いて、図示し地図のように表示する機能。

Feature Map, Print

Feature Map Print Dialog

フィーチャーマップは印刷することができます。メインフィーチャー画面で、フィーチャーマップ印刷ボタンをクリックしたときに表示される画面は印刷対応ウィンドウとなっています。すなわち、この画面はプレビュー画面となっており、印刷される状態をみることが可能です。ここから直接プリンタに印刷したり、PDFファイルを出力したり、印刷のための設定をしたりすることが可能です。

Fickett、James

DNA塩基配列からコーディング領域らしさを予測するアルゴリズムであるTestCode?を発表した。

FK（ISB用語）

Feature Keyの略。

Forward

Forward Strand

Fragment

DNAの断片を言う。あるいはNGS用語で、Paired-Endではないシングルフラグメントのショートリードを言う。

Fragment Area

Fragment Mapping

Fragment Viewer(ISB用語、MGG用語）

DNAシーケンサからの配列フラグメントの品質などを閲覧するビューアを言う。MGGに装備されている。

Fusion

Fusion, Feature

G †

Gap

Gap Penalty

Gap Extension Penalty

Gap Opening Penalty

GC Content

GC含量のこと。IMCのFeature Map上および環状ゲノムマップ上に描画することができる。

GC Skew

GCスキューのこと。IMCのFeature Map上および環状ゲノムマップ上に描画することができる。

GE (= Gel Electrophoresis (= ゲル電気泳動)）

in silico GE

コンピュータ内で仮想的に行うゲル電気泳動実験。IMCで実行できる。

GenBank

NCBIで運営されている配列データベース。各投稿者からのエントリー配列をそのまま掲載している。RefSeq?は、NCBIで独自に注釈をつけたもの。

GenBank Format

Genbankフォーマットとは、注釈付の塩基配列データあるいはアミノ酸配列データのファイル形式を示します。米国NCBIで提供するテキスト形式のフォーマットです。このため、たいていのエディターソフトウェアでも内容を見ることが可能です。NCBIの塩基配列、アミノ酸配列データベースはもっとも大掛かりで、また頻繁に更新されています。このGenbankフォーマットのデータは様々なソフトウェアで読み込む、書き出すことができるので、研究者間のデータ交換にも最適です。IMCではGenbankフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

GenBank Format File

GenBankデータベースを構成するレコードエントリーの書式

Single GenBank Format File

Multiple GenBank Format File

GeneScan?

ｓ

Genome

GenomeGAMBLER（ISB用語、MGG用語）

登録商標。ソフトウェアの名称。ゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。

Genome Rearrangement Map

ゲノムリアレンジメントマップ。リンクマップとも呼ぶ。IMCGE, IMCAE, GenomeTravelerに実装されている。機能・操作説明へ?

GenomeSpider?

インシリコバイオロジー社のソフトウェアの名称

GenomeTraveler

インシリコバイオロジー社のソフトウェアの名称

GenPept?

GenBankの塩基配列のコーディング領域をアミノ酸翻訳し、注釈をつけたデーtを言う。

GFF

General Feature Formatの略。IMCでフィーチャーインポートし、新規フィーチャーとして登録可能。

GFF

SOLiDのマッピング結果出力フォーマット。IMCおよびMGG、GenomeTravelerで読込可能。

GPFF

GenPeptFormatFile?。IMCでは、相同性検索用データベース生成の入力ファイルとして使用することができる。

GTF

フィーチャー記述ファイル形式のひとつ。

H †

High

High Value

Highlight

Highlight Color

Homology

相同性。

Homology Search

相同性検索。BlastやFastAなどが有名。

I †

IMC （ISB用語）(= in silico MolecularCloning)

インシリコバイオロジー社が奈良先端科学技術大学院大学（小笠原教授、黒川助教授）からの協力の下に開発したバイオソフトウェア。IMC Wikiトップページへ

In Fusion

in silico (= インシリコ)

〜「シリコンの中で」というラテン語由来の言葉。in vivo（生体内）, in vitro（ガラスの中で、試験管の中で）から転じて、コンピュータの中でという意味。

in silico Assembler

インシリコバイオロジー社が九州大学からの協力の下に開発したDNAフラグメントアセンブラー。

in silico Experiment

インシリコ実験。コンピュータ内で行う実験。

in silico biology (=インシリコバイオロジー株式会社）

横浜に拠点を置く日本のバイオインフォマティクス企業。インシリコ生物学関連のソフトウェアを独自開発。インシリコモレキュラークローニングシリーズ、メタゲノムギャンブラーシリーズなどのバイオソフトウェアを開発、販売。奈良先端科学技術大学院大学発ベンチャー企業。

in silico BIOLOGY

ドイツの論文誌。

in silico Digestion by Restriction Enzyme

制限酵素によるインシリコ消化切断。IMCに実装されている。

in silico Gel Elecrophoresis

インシリコゲル電気泳動。IMCに実装されている。

in silico PCR

インシリコPCR。IMCに実装されている。

Indexing

Indexing Option

Insert Check

インサートチェック。IMCでは、インサートチェックに最適な制限酵素を探索することができる。

Intensity

発現強度値。

ISB

in silico biology, inc.の略。インシリコバイオロジー株式会社のこと。

ISB Chart

インシリコバイオロジー社が開発した単一トレース波形ビューア・エディタ。多重トレース波形ビューアはChart Viewerを見よ。

J †

Java

Sun Microsystemsが開発したプログラミング言語。ISB社開発製品で主に使用されている。

Java Memory

Java Memory Indicator (= Javaメモリー使用状況表示領域)

JSNP

Japanese SNPsデータベース。IMCでは対応するゲノム上にマッピングすることができる。

K †

L †

Last

産業技術総合研究所CBRCで開発された相同性検索ソフトウェアの名称。

Leopard(=Apple用語)

Mac OS X.5のこと。

Leopard, Snow(=Apple用語）

Mac OS X.6のこと。

Ligation

ライゲーション反応。IMCクローニング機能の１つ。

in silico Ligation

コンピュータ内で仮想的に行うライゲーション実験。IMCで実行できる。

Link

Linkage Map（ISB用語）

IMCGE以上で作成できる(Global) Genome Rearrangement Mapのこと。

Local

Local Genome Rearrangement Map

局所ゲノム再配置地図。IMCGE以上に実装された近縁種間比較ゲノム機能。 ;;;(Global) Genome Rearrangement Map|広域ゲノムゲノム再配置地図。

Low

Low Value

M †

Main Feature Window (ISB term)(= Main Window)

IMCソフトウェアの操作はほとんどこの画面を中心に行うことになります。IMC Main Feature Windowはメニューバーおよびツールバーを上辺にもち、左側に編集DNAプール、反応DNAプール、参照DNAプールがあり、中央から右側にかけて、塩基配列表示領域、数値表示領域、編集フィーチャーマップ描画領域、参照DNAフィーチャーマップ領域からなります。また、左下隅にはJAVAメモリー使用状況が表示されます。

Map

Map Scale

Map Shift

Map Shift Left

Map Shift Right

Match

Match Color

Mate

Mate Pair

Melting Temperature

融解温度。DNAの二重鎖が解離する温度。

Message

Message, Error

エラーが発生した場合に表示されるメッセージ。

Metabolite

代謝物質。

Metabolite DB

植物や微生物の二次代謝物質のデータベース。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。

Metabolite Finder

Metabolite DB専用の検索用ソフトウェア。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。

Metabolite, Secondary

二次代謝物質

MetaGeneAnnotator?

東京大学で開発された原核生物ORF予測ソフトウェアの名称

Meta Genome

メタゲノム。同一環境に成育する複数の生物種のゲノムを言う。

MetaGenomeGAMBLER(=MGG)（ISB term, MGG term)

登録商標。ソフトウェアの名称。メタゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。MGG Wiki トップページへ

MGG (ISB term, MGG term)

(MetaGenomeGAMBLERの略）。

Mismatch

Perfect Matchに対応する用語。

Mismatch Probe

配列の中央に対応するゲノム塩基配列と一致しない塩基を１つもつプローブを言う。バックグランドを示すと考えられる。

Mismatch Color

Multiple

Multiple Alignment

多重並置

Multiple Alignment Editor (IMC term)

Multiple Alignment Viewer (IMC term)

N †

Navigation

Navigation Area

Nimblegen

Arrayメーカのひとつ。IMCAEでサポートしている。

Nimblegen Array

Nimblegenのアレイデータの読み込み方法

Niblegen PAIR File

Nimblegen Probe

Nimblegenのプローブマッピングの方法

Nimblegen NDF File

Northwest

see also "Center"

O †

Option Settings

オプション設定。ISBソフトウェアでの様々な設定を行う。

ORF (= Open Reading Frame)

ORF_Glimmer1

ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。

ORF_Glimmer2

ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。

ORF_Long

ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。ORF候補のうち、長いものを示す。

ORF_Middle

ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。ORF候補のうち、長いものを示す。

ORF_Short

ISB用語。IMCで使用する特殊Feature Keyのひとつ。ORF候補のうち、長いものを示す。

P †

Pack

Pack Lane

IMCのフィーチャーマップのLaneのひとつ。フィーチャーを詰めて描画ずる。

Pack Layout

同上。

Paired-End

Paired-End Mapping

Parser

Pathway

Pathway Analysis

Pattern

Pattern Search

Parser-friendly(SLIM Search用語)

PCR (= Polymerase Chain Reaction)

in silico PCR

コンピュータ内で仮想的に行うPCR実験。IMCで実行できる。IMCのプラスミドマップ描画機能へ?

PDF

Portable Document Formatの略。Abobe社の文書ファイルフォーマット。文字や画像を統合的に管理できる。IMCの画像出力フォーマットのひとつに採用されている。

Peak

Peak Detection

アレイプロファイルからのピーク検出

Peak Detection

マッピング結果のCoverage Depth Profileからのピーク検出

Phylogenetic Tree

分子系統樹。IMCで描画・印刷できる。

Plasmid

プラスミド。

Plasmid Map

プラスミドマップ。IMCで描画・印刷できる。

PM

Perfect Matchの略。

PNG

Portable Network Graphicsの略。権利関係の面倒なGIFの代用フォーマットとして開発された。画像フォーマットのひとつ。IMCで画像出力用ファイル形式のひとつに使用している。

Pool（旧ISB用語、旧IMC用語）

DNAプール。編集プールなどと呼ばれた。今後は、Tubeに統一。

Primer

Primer Design

プライマー設計。IMCに実装されている。設計されたPrimerは、直ちにインシリコPCRを実行できる。

Primer Management（ISB用語）

プライマー管理。IMCに搭載されているプライマー管理ツール。プライマーリストからプライマーセットを選択し、そのプライマーセットが増幅できる登録済みDNAをフィーチャーマップに呼び出すことができる。IMCのプライマー管理機能?へ。

Priming

Priming Site

Probe

Probe, PM

Perfect Match Probe

Probe File

Probe File, Affymetrix

Probe File, Agilent

Probe File, Nimblegen

Profile

Profile, Amino Acids(=A.A.Profile)

蛋白質のアミノ鎖の性質を連続的な棒グラフで表示したもの。

Profile, Coverage Depth

Profile, Fickett's TestCode?

DNA配列上の遺伝子領域らしさを連続的な棒グラフで表示したもの。

Profile, GC Content

Profile, GC Skew

Profile, Mapping

Profile Lane

IMCのフィーチャーマップフィーチャーレーンの1種。スライディングウィンドウ方式で位置依存数値データをグラフィカルに表示する。

Project

MGGにおける作業単位の第2位。第1位はWork Area。第3位はAssemble。１つのProjectには複数のAssembleを登録できる。

Proportional

Q †

Qualifier

Featureの性質を記述する。IMCでは、独自のQualifierを使用して、操作性を高めている。

不要なQualifierを取り除く

Qualifierをラベルとする

Quality

Quality Check

Quality Color

Quality Value

R †

RBS

Ribosomal Binding Siteの略。別名＝SD配列。原核生物ORF予測ソフトウェアMetaGeneAnnotator?では、RBSを予測する。IMCではMetaGeneAnnotator?で予測されたRBSをフィーチャーとして登録することができる。

Reacting Tube (ISB用語) (= 反応チューブ)

後述する制限酵素による消化断片として生成された断片DNAファイル、PCR操作の結果生成されたPCR産物DNAファイルは、通常は反応DNAプールに表示されます。このアイコンをクリックすると編集DNAプールのDNAファイルと同様にアクティブとなり、塩基配列およびフィーチャーマップが表示され、様々処理を実行可能となります。一方、それまで編集DNAプール領域でアクティブであったDNAファイルはインアクティブとなります。Old Name=Edit Pool

反応チューブからの配列ファイルの取り除き

反応プールに表示されているDNAファイルのアイコンを右クリックするとプルダウンメニューが表示されます。そのメニューからREMOVEをクリックすると、そのDNAは反応DNAプールから取り除かれます。ファイルとしては、指定されたディレクトリに保存されているので、ファイル自体を消去する場合は、各OSの削除機能を使用します。

反応チューブから編集プールへの移動

反応DNAプールに表示されているDNAファイルのアイコンを右クリックするとプルダウンメニューが表示されます。そのメニューからLoad to Edit Poolをクリックすると、そのDNAファイルは編集DNAプールに移動し、かつACTIVEとなります。

Rearrangement

再配置

Genome Rearrangement

ゲノム再配置

Genome Rearrangement Map

ゲノム再配置マップ。IMCに実装されている。複数のゲノム染色体間の再配置の状況を図示する。。機能・操作説明へ?

Reference

Reference Pool (ISB用語) (= 参照プール)

Reference DNA Pool (ISB Nomenclature)

Old Name. Changed to Reference Pool

Reference Genome Map (ISB用語) (= 参照ゲノムマップ）

RefSeq?

NCBIにて独自に注釈を付加した配列データベース。UCSCのGoldenPath?も参照せよ。

Restriction Enzyme

制限酵素。

Reverse

Reverse Complement

Reverse Strand

rnaCluster

USCSの提供するデータベース。生物種別のESTやmRNAをクラスタリングした結果得られる遺伝子領域を示す。Exon,Intron境界は示されない。

S †

SAM/BAM

SAMToolの出力フォーマット。BAMはバイナリ形式。

SCF

(Standard Chromatogram Formatの略）。DNAシーケンサファイルの標準フォーマット。波形を表示するための情報を格納できる。ABI Format参照。IMCではこの形式のファイルを読み込み、フィーチャーマップに表示できる。

Scaffold

何らかの方法により位置関係を決定されたコンティグ群

Scaffolding

GT(GenomeTraveler)の機能。大量のContig配列をShort Read配列を使って、より大きなScaffoldに結合する。

SCF Format File

SCF形式のファイル。シーケンサーファイルの標準。

Segment

Segment Pair

Segment Pair Alignment

Self Ligation

1本の直鎖状DNAの両端同士が結合し、環状のDNAを生成することをいう。IMCでは、この反応を実装している。

Sequence

Sequence Folder

塩基配列ファイルを格納するフォルダー。階層的に作成することができる。

Sequencer

Sequence Area

Singlet

別名＝Singleton。他のフラグメントとオーバーラップしなかったフラグメントをいう。

Singleton

別名＝Singlet。

Skew

スキュー（＝歪度）。塩基組成の非対称性をみるために利用される。IMCでは、フィーチャーマップ上および、環状ゲノムマップ上で、Skewを表示・印刷することができる。

Skew, AT

Skew, Cumulative

Skew, GC

SLIM Search

超高速BLAST型検索用ソフトウェア。ニュージーランドSSL社が開発。日本ではインシリコバイオロジー社が輸入代理店である。インシリコバイオロジー社のSLIM Search ホームページ

Snow Leopard

Mac OSX 10.6

SNP

SNP Detection

Source

GenBank/EMBL/DDBJ Feature Keyのひとつ。その生体高分子（DNA、アミノ酸）の由来を示す。１つのDNAが複数の断片からなるキメラ配列の場合には、sourceは複数記述される。

Split

Split Option

Start Window

スタート画面。ISB社のソフトウェアでは、起動ウィンドウが最初に表示される。この画面をクリックすると、それぞれのメインウィンドウが表示され、操作を開始できる。

Start Window, GT

Start Window, IMC

Start Window, MGG

Strand

Strand Color

Strand, Forward

順鎖。

Strand, Minus

Strand, Reverse

逆鎖。

Strand, Plus

T †

TaxiSpider

ISB社のソフトウェア製品の１つ。生物系統樹から目的の塩基配列およびアミノ酸配列を探索し、NCBIよりその配列をダウンロードすることができる。さらにそこから、IMCを起動することが可能。近日発売予定。TaxiSpider Home Pageへ。

TestCode?

Fickettによる遺伝子領域探索アルゴリズム。IMCに実装されている。

Text Format

Text Format of Sequence

ヘッダー情報なしの、塩基配列あるいはアミノ酸配列だけからなる形式のファイルです。IMCではシンプルテキストフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示することが可能です。

Threshold

Threshold Value

Tiger

Mac OSX 10.4

Tm

Melting Temperatureを見よ

Tool Box

ボタンツールボックスのこと。メインウィンドウのボタンツールボックスは取り外しや、非表示にすることができる。

Trace

Trace Mapping（ISB用語）

キャピラリーシーケンサから出力される波形ファイルをそのまま参照ゲノム上にマッピングする機能。IMCおよびMGGに実装済。

Tree

Tree Node

TreeView?

インシリコバイオロジー社で開発した、系統樹表示ソフトウェア。

Trimmed Mean

上下の異常値を除外して平均値を計算する方法。Robustな変換方法のひとつ。

Trimming (MGG用語)

アセンブルの前に配列品質の悪い領域を取除く処理をいう。

Trimming (GT用語）

アセンブルの前に配列品質の悪い領域を取除く処理をいう。およびアセンブル対象とするフラグメントを限定することをいう。

Tube（ISB用語、IMC用語）

別名Edit Poolとも呼ばれる。またの名称Sample Tube。フィーチャーマップの左側のDNAのアイコンが表示される領域を示す。IMCではTubeを各反応の作業領域をして使用している。

Tube, Sample（ISB用語、IMC用語）

T-Vector

TAクローニングに使用される直鎖状ベクター。両３’末端で、1個のチミンが突出している。PCR産物のクローニングに便利。

U †

V †

Venn Diagram

W †

Whole

Whole Genome

Whole Genome Primer Design

Window

Annotation Window

Clustering Window

MGGのウィンドウの１つ。クラスタリング・ウィンドウの機能へ?

Main Window

IMCの主ウィンドウ。Main Feature Windowを見よ

Main Control Window

MGGのメイン制御ウィンドウ。ここからすべてを制御する。

Option Settings Window

IMC,MGGなどのオプション設定用ウィンドウ。様々な種類がある。

Reference Genome Map Window

IMCのウィンドウの１つ。参照ゲノムマップを表示する。

Sample Window

MGGのウィンドウの１つ。サンプルウィンドウの機能へ

Window Approach (=Sliding Window Approach)

ウィンドウアプローチ

WMF

Windows Meta Fileの略。インシリコバイオロジー社のソフトウェアではこれの拡張版であるEMFを採用している

Work Area

MGG用語。別名＝作業領域。MGGにおける最上位の作業単位。第2位はProject。第3位はAssemble。１つのWork Areaには複数のProjectを登録できる。

X †

Y †

Z †

Zoom

Zoom In

Zoom Out

Zoom Rate

1 †

3 †

32-bit

6 †

64-bit対応Java

64-bit対応OS

64-bit対応OS, Mac OS X.5 Leopard

64-bit対応OS, Windows xp 64-bit

あ行 †

インシリコ実験

コンピュータ内で行う実験

インシリコPCR

in silico PCRを見よ

インシリコライゲーション

in silico Ligationを見よ

ウィンドウアプローチ（＝スライディングウィンドウアプローチ）

Sliding Window Approachを見よ

か行 †

環状ゲノムマップ

CircularGenomeMap?を見よ

起動ウィンドウ

別名＝スタート画面。Start Windowを見よ。

ゲノム再配置マップ

(=GenomeRearrangementMap)

さ行 †

参照ゲノムマップ（旧名）

Reference Genome Mapを見よ。

参照ゲノムマップウィンドウ（旧名）

Reference Genome Map Window　変更後名称　多重ゲノムビューア（Multiple Genome Viewer）

制限酵素反応ボタン

た行 †

多重ゲノムビューア(Multiple Genome Viewer)(ISB用語)

トリミング

Trimmingを見よ

トレース波形

トレース波形ビューア（=ChartViewer)（ISB用語）

ChartViewerを見よ。

トレースマッピング（ISB用語）

TraceMapping?を見よ。

な行 †

は行 †

波形アラインメント

トレース波形アラインメント。ABIやSCFフォーマットの配列データを多重トレース波形でアラインメントすること。IMC、MGGにはChartViewerでこれを実装している。IMCの波形アラインメント機能詳細?へ。

反応チューブ（ISB用語、IMC用語）

IMCメイン画面左側ペインの配列アイコンが表示される領域を示す。ここに配列を置くことにより、制限酵素消化、PCR、ライゲーションなどの反応を操作できることから由来。

プライマー管理

Primer Managementを見よ

ベクター登録ボタン（ISB用語、MGG用語）

ベクター配列を登録するためのボタン。

ベクターチェック実行ボタン（ISB用語、MGG用語）

ベクター配列が存在するかどうかをチェックするボタン

ヘルプウィンドウ

ISB社のソフトウェアに共通に存在する画面のひとつ。

ま行 †

や行 †

ら行 †

わ行 †