最新更新日:2013-05-07 (火) 17:31:09

インシリコバイオロジー データ形式集

IMC:インシリコモレキュラークローニングシリーズで使用するデータ形式

Read GenBankボタンで読み込み、その塩基配列やフィーチャーをフィーチャーマップに表示できるデータファイル形式

  • GenBank形式?
    • Multiple GenBank形式も読み込み可能
    • gz圧縮形式も読み込み可能
  • EMBL形式?
    • Multiple GenBank形式も読み込み可能
    • gz圧縮形式も読み込み可能
  • FastA形式?
    • Multiple FastA形式も読み込み可能
    • gz圧縮形式も読み込み可能
  • Text形式?
  • ABI形式?
  • SCF形式?

レファレンスマップに読み込み、表示できるデータファイル形式

  • GenBank形式?
  • EMBL形式?

DDBJの大量塩基配列登録用に出力されるファイル形式

  • DDBJ形式?

フィーチャーマップに表示中の塩基配列上に、フィーチャーとしてマッピングできるデータファイル形式

フィーチャーマップに表示中の特定のフィーチャーキー上に、Qualifierとして登録できるもの

  • BLAST結果ファイル?

PCRプライマーファイルとして使用できるもの

  • ISBプライマーファイル形式?

BLASTおよびSLIM Search検索用データベース作成に使用できるもの

  • 核酸データベース
    • マルチプルFastA形式?
  • アミノ酸データベース
    • マルチプルFastA形式?
    • マルチプルGPFF形式?

ClustalWから出力されるもの

  • ClustalW形式?
  • デンドログラム形式?

Array ファイル

  • Probe ファイル
    • Affymetrix 形式
    • Aglent 形式
    • Nimblegen 形式
  • Array発現強度データファイル
    • Affymetrix 形式
    • Aglent 形式
    • Nimblegen 形式

MGG:メタゲノムギャンブラーシリーズで使用するデータ形式

アセンブル対象フラグメント

  • ABI形式?
  • SCF形式?
  • PHD形式?
  • FastA形式?
  • GenBank形式?

アセンブル結果ファイル

^ ACE形式?

クラスタリング用データベース

TSP:TaxiSpiderで使用するデータ形式


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Last-modified: 2013-05-07 (火) 17:31:09 (2045d)