IMC Version Up History

Last Modified: 2018-08-28 (火) 13:38:45
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This is the IMC version up history later than the IMC ver. 4.0.

IMC 7

7.01 (2017/11/26) 〜 Latest:7.26 (2018/8/28):

IMC 6.0

6.0.00 (2015/07/31) 〜 6.0.44 (2017/08/28):

IMC 5.3

5.3.0 (2013/01/07) 〜 5.3.75 (2015/04/15):

IMC 5.2

5.2.0 (2012/7/12) 〜 5.2.87 (2013/12/25):

IMC 5.1

5.1.0 (2012/2/10) 〜 5.1.3 (2012/5/7)

IMC 5.0

5.0.0 (2011/8/25) 〜 5.0.13 (2012/1/10)

IMC 4.3

4.3.0 (2011/2/11) 〜 4.3.15 (2012/7/9)

4.2.15 2011/1/21

  1. Trace Mapping機能に参照ゲノム塩基配列との直接アラインメント機能実装しました。 なおこの機能は、2月末までにさらに改良される予定です。
  2. パッケージ版インストーラからヘルプをインストールしても、参照エラーとなるバグを修正しました。
  3. Ctrlキーを押しながら両側のフィーチャーをクリックすることでこの2個のフィーチャーを含む塩基配列領域の配列およびフィーチャーを削除する機能(Delete Feature)を追加しました。
  4. Whole Genome PCR Primer Design機能に隣り合うPCR産物間のオーバーラップ塩基数(目安)を指定可能になりました。
  5. 固定版ライセンス要求メッセージを変更しました(次期ライセンス発行機能のリリースまでの暫定的機能)。
  6. 最新Versionチェック機能にて、ライセンスファイルが指定場所に存在しない場合にはエラーとせず、ファイル選択ダイアログを表示して、ユーザがライセンスファイルの場所を指定することができるようになりました。

4.2.14 Not Released

  • IMC Version 4.2.14 はリリースいたしませんでした。

4.2 13 2011/1/4

  1. 複数行にわたるQualifierをDescription WindowおよびAnnotation Windowで複数行表示できるようになりました。これに伴いQualifier行におけるIMC内部フォーマットで使用していた暫定的改行文字(\zx)による表記は廃止されます。
  2. COGデータベースへの相同性検索を利用して、CDSのQualifier /classification=以下にCOG機能分類コードを自動的に付加することができるようになりました。
  3. 配列パターン検索の登録において、ファイルから追加することができるようになりました。
  4. タイリングアレイのプローブ自動設計機能の転記・生成項目を変更しました。

4.2.12 2010/12/13

  1. Probe Design機能で作成したプローブファイルをインポートできないバグを修正しました。

4.2.11 2010/11/30

  1. IMC Version 4.2.10の不具合を解消しました。この不具合はドングルライセンスのみ影響します。固定ライセンスは問題ありません。

4.2.10 2010/11/28

  1. このVersionのドングル版インストーラに不具合がありました。

4.2.9 2011/11/20

  1. EMBL形式ファイル出力の重大な不具合修正しました。

4.2.8 Not Released

4.2.7 2011/11/11

  1. Genomics Edition以上において、環状ゲノムマップの描画の際に、"Feature", "ALL", "Forward" を指定すると、描画される環状ゲノムマップがべた塗りされてしまう問題を回避しました。この問題は、Version 4.2.3においてIMCに読み込まれたGenBank/EMBL形式ファイルに自動的にその配列全体にわたるsourceフィーチャーを生成するようにしましたが、これによりALL指定ですべてのフィーチャーを描画指定するとそこにsourceフィーチャーが含まれてしまい、結果として環状ゲノムの全体にわたってsourceフィーチャーが描画されるため、べた塗りされるようになりました。これを回避するために、ALL指定の場合はsourceフィーチャーを自動的に除外して描画するように変更されました。

4.2.6 2011/11/4

  1. Array Editionにて、アレイプロファイルレーンのラベル表示の設定が保存されないバグを修正しました。

4.2.5 2010/10/27

  1. Array Editionにて、Affimetrix BPMAPファイル読込の際に25塩基未満の短いプローブが読み込まれないバグを修正しました。

4.2.4 2010/10/25

  1. GenBank/EMBL形式ファイルのWord Wrapが保存されない問題を解決しました。
    • IMCの内部フォーマットでは、qualifier行にある改行は削除せず、文字列「\zx」に置き換えます。
    • GenBank/EMBLファイル出力の場合には、これを元の改行コードに置き換えます。
    • IMCのDescription WindowやAnnotation Windowにおいては、改行コードは「\zx」で表示されます。
    • 利用者はこの「\zx」文字列を追加したり、削除したり移動することが可能です。
  2. Feature Positionに一部特定の文字列が含まれる場合にフィーチャーが正しく表示されない問題を解決しました。

4.2.3 2010/10/15

  1. メインフィーチャーマップの反応チューブでの配列順序変更ができるようになりました。配列アイコンのマウスドラッグアンドドロップで順序を入れ替え操作できます。なお、参照チューブ上でのこの操作は従来から可能です。
  2. FastAファイルあるいは配列全域にわたるsourceフィーチャーをもたない塩基配列ファイルを読み込んだ場合は、全域にわたるsourceフィーチャーを自動生成します。
  3. Save as Joint File 機能において、gapおよびコンティグ全域にわたるsource フィーチャーを生成します。
  4. CSV形式フィーチャー定義ファイルインポートされたフィーチャーのclassificationカラーが表示されないバグを修正完了しました。

4.2.2 2010/10/4

  1. FLSのインポート機能で読み込んだスタイルのリストを表示し、インポートするFLSを選択できるようになりました。
  2. アレイプロファイルレーンでFLSを切換えても、アレイ表示ができるようになりました

4.2.1 2010/10/2

  1. 固定ライセンス版のライセンスファイルの格納の場所を記憶し、次回起動時に自動的にそこを参照するようになりました。
  2. 環状ゲノムマップのレイアウトスタイルの参照ファイル名を反応チューブにロードされている順番の相対ファイル名にしました。これによりファイルの順番を入れ替えるだけで、同じスタイルの異なるゲノムの環状ゲノムマップを簡単に描画できるようになりました。

4.2.0 2010/9/1

  1. 環状ゲノムマップの描画方式がフィーチャーレイアウトスタイル方式となりました。これで、メインフィーチャーマップ、プラスミドマップのレイアウトスタイル化に続いて、3種のマップ作成がFLs対応となりました。
  2. 環状ゲノムマップにレイアウトスタイル機能を実装しました。
  3. Mac版インストーラーでblast、clustalw、netblastのインストール設定がうまくいかないバグを修正しました。
  4. ライセンス更新期限超過後の警告メッセージを変更しました。更新期限、ライセンスIDおよびドングルID(浮動版のみ)が表示されます。
  5. ヘルプファイルの自動ダウンロードサイトが変更となりました。
  6. IMC用語が変更されました
    • Setup Feature Map → Setup Feature Lane
    • Setup Content Map → Setup Content Lane
    • Setup Tiling Array → Setup Tiling Array Lane
    • Setup Enzyme Map → Setup Enzyme Map Lane
  7. 一括バッチPCR設計で、設計数ゼロ件を表示するようにしました

4.2

4.1.37 2010/9/11

  1. ヘルプファイルトップページのファイル名を変更しました
  2. 英語表記が変更されました
  3. Join形式のフィーチャーを結ぶ線の形式を選択できるようになりました。オプションダイアログ → Feature Map → View Intronで設定できます。
  4. 一括バッチPCR設計で、設計数ゼロ件だけを選択する機能を実装しました

4.1.36 2010/9/9

  1. 配列パターンのデフォルトデータのバグを修正しました。 MerR-type HTH domain のパターンが間違ってました
  2. ヘルプファイルの更新チェックのメッセージを、 「New Version is Available. Download?」に変更しました。
  3. バッチPCR Primerデザイン
    • 結果画面が一目でわかるようにリスト形式に変更されました
    • 結果から最も良いprimer pairを一括してcsvに書き出す機能が実装されました
    • 結果からPrimerデザインに失敗した領域で再デザインする機能が実装されました
  4. ゲノム染色体全体をオーバーラップしてカバーするPrimerデザイン機能が実装されました

4.1.35 2010/8/30

  1. フィーチャー右クリックのポップアップメニューは実行可能、実行不可に関わらずすべて表示するように変更しました。実行できないメニューは薄く表示されます。
  2. 参照ウィンドウを左端または上端に置いてIMCを終了した場合、再起動後に参照ウィンドウが元の場所に表示されないバグを修正しました。
  3. NCBIのMapView?/seq_gene.mdファイルインポートでCDSの位置が大きくずれるバグを修正しました
  4. インポートファイルのフォーマットチェックに時間がかかっていたのを高速化しました

4.1.34 2010/8/27

  1. IMC起動時にコマンドプロンプトやターミナルに表示されるエラーの修正
  2. 環状ゲノムマップの任意に位置をクリックするとフィーチャーマップのその位置を表示する機能追加
  3. 参照ゲノムマップをクローズしても配列が維持されるように変更。

4.1.33 2010/8/5

  1. クリップボードにある配列をフィーチャーマップにペーストする際のバグ修正

4.1.32 2010/7/30

  1. トレース波形ビューアを統一
  2. クリップボードにある配列をフィーチャーマップにロードする機能追加
  3. 反応チューブにあるアイコンを除去した場合はフィーチャーマップを空白とする
  4. 複数のフィーチャー間の領域指定可能
  5. トレース波形ビューアのプライマーを一般プライマーデータとして登録可能

4.1.31 2010/7/23

  1. 制限酵素のMySet?の編集方法改良
    • MySet?に直接制限酵素を追加可能
    • MySet?から制限酵素を削除可能
  2. トレース波形ビューアにプライマーサイトと制限酵素サイトを表示
  3. キーワード検索においてヒットしたQualifierの内容を表示

4.1.29 2010/7/14

  1. In-Fusion PCRクローニング用プライマー設計機能追加
  2. 異常オプションファイル読込時の機能強化

4.1.28 2010/7/9

  1. NCBI BlastのVersion Up対応(読込機能)
  2. 外部サーバの設定方法変更

4.1.27 2010/7/2

  1. Annotation Window/Description Windowのdb_xrefに外部リンク設定

4.1.26 2010/6/29

  1. 外部サーバのDBを複数ユーザで共有可能になりました。

4.1.25 2010/6/26

  1. ORF/CDS個別フィーチャー上でのアミノ酸翻訳パラメータの統一
  2. Screening指定をファイル上書き時は無効に設定

4.1.24 2010/6/24

  1. アレイ統計機能の計算でAbnormal値を除外するオプション追加

4.1.23 2010/6/18

  1. 設定ファイルが破損された場合の処理改善
  2. ライセンスファイルが指定ディレクトリに存在しない場合にファイル選択可能
  3. バッチPCR Primer Designで検索結果ファイルを指定可能
  4. Qualifier Screeningリストにmigap_codeを追加

4.1.22 2010/6/14

  1. ホモロジー検索用データベースを外部サーバ上に構築可能
  2. 外部サーバ上でホモロジー検索可能

4.1.21 2010/6/7

  1. プラスミドマップ描画レイアウトスタイルの保存、読込機能

4.1.20 2010/6/3

  1. プラスミドマップの描画方法および操作方法を改良
  2. 起動ウィンドウの表示カラーを更新期限が近接および超過に従い変更
  3. フィーチャーレーンを不可視化すると印刷ダイアログが表示されなくなるバグ修正
  4. プラスミドマップ中に短いフィーチャーがあると描画できないバグ修正
  5. 自動アノテーション処理を非モーダル化

4.1.19 2010/5/31

  1. フィーチャーレイアウトのレーン表示・非表示切換えチェックボックスをボタンに変更
  2. 現在使用中のVersionより新しいVersionがリリースされている場合は、NEWボタンの色が変わる
  3. ツールボックスの非表示設定を行うと、ツールボックスが初期状態となるバグ修正
  4. マルチプルアラインメントの残基、塩基をカラーで表示(印刷はモノクロ)
  5. 自動アノテーション機能にてホモロジー検索の実行は必須とはせず、オプションに変更
  6. 自動アノテーション(外部サーバ起動)機能のtRNAScan-SEのバグに対処

4.1.18 2010/5/25

  1. SNPフィーチャーの表示方法変更

4.1.17 2010/5/25

  1. ツールボタンのカスタマイズ機能(ボタン毎に表示・非表示を設定可能)
  2. dbSNPインポートのバグ修正
  3. dbSNPインポートでqualifierの登録方法変更
  4. AE版のデフォルトレイアウトセットでArray Profileを6段から3段に変更
  5. ESTマッピングの参照ゲノムとのAlignment結果をフィーチャーにグラフィカル 表示機能

4.1.16 2010/5/17

  1. Mac版起動時に[net/sf/commons/ssh/AuthentificationOptions?」というエラーが表示され起動できないバグ修正
  2. メインフィーチャーウィンドウ、アノテーションウィンドウ、スタートコドン位置変更ウィンドウの塩基およびアミノ酸配列をカラー表示
  3. バッチホモロジー検索がエラーとなる不具合修正
  4. ESTマッピング結果のアラインメント表示におけるカラー表示方法変更

4.1.15 2010/5/13

  1. 各種検索結果からClassificationを設定する機能追加
  2. Newボタンのリンク先不具合修正
  3. 自動アノテーション結果ファイルを反応チューブにロードする機能追加
  4. IMCAEの復元ポイントがインストールの度に増える不具合修正

4.1.14 2010/5/10

  1. ライセンス更新期限超過の場合は、Newボタンを不活性とする
  2. Mac版でインストールメニューからドングルドライバーをインストールできない バグ修正
  3. 自動アノテーション機能で外部サーバ上のコマンド起動可能

4.1.13 2010/4/30

  1. 各種検索結果から直接Description/Annotation Window起動

4.1.12 2010/4/22

  1. Annotation WindowでStop CodonがStart Codonの色で表示されるバグ修正

4.1.11 2010/4/21

  1. FLSのダイアログを非モーダルに変更
  2. フィーチャー右クリックで配列とフィーチャーをコピーする機能追加
  3. GenomeマップのContent設定にデフォルト値設定
  4. 外部サーバでのUnix/Linux関係ソフトウェア起動・連携機能

4.1.10 2010/4/9

  1. FLSを変更するとFeature Mapをスクロールできなくなるバグ修正
  2. Mac版のインストールメニューからドングルドライバーをインストールできないバグ修正

4.1.9 2010/3/25

  1. イントールメニューのヘルプインストールのディレクトリを固定に変更
  2. Laneの一時的可視化・不可視化機能変更。 チェックボタンのクリックで表示/非表示をすぐに反映する
  3. Mac OS X.6 Snow Leopardでblastall やformatdbがコマンド設定されないバグ修正
  4. 反応チューブに読み込まれている配列のうち、塩基配列を全部結合する機能追加

4.1.8 2010/3/15

  1. 重なりをチェックした場合のORF検索結果の数が違うバグ修正
  2. 反応チューブに読み込まれているデータ数の表示を1段上の行にまとめて表示する
  3. ライゲーションウィンドウの脱リン酸化、リン酸化の表示をPPP-、-OHに変更
  4. Feature Layout Style設定に一時表示/非表示ボタンを追加

4.1.7 2010/3/12

  1. AUGUSTUSのインポート結果の塩基位置がずれるバグ修正

4.1.6 2010/3/11

  1. NCBIdbSNPインポート機能追加
  2. マルチフォーマットファイル保存機能追加
  3. 反応チューブ上のアイコンの全選択メニュー追加
  4. 反応チューブおよび参照チューブの配列数を表示機能追加
  5. アレイプローブのインポート処理をマルチコア対応

4.1.5 2010/2/25

  1. ORF検索機能改良
  2. Mac版で自動更新できないバグ修正
  3. インストール時にシステム復元ポイントを保持するように変更
  4. レイアウトファイルのフォーマット改良

4.1 4 2010/2/25

  1. 脱リン酸化の不具合修正
  2. Windows 7 64-bitインストーラの不具合修正

4.1.3 2010/2/20

  1. New Function: Auto Annotation

4.1.0 2010/2/10

  1. Installer for Windows 7

4.1

4.0.23 2010/2/2

  1. Verion 4.0.22の修正ミス。

4.0.22 2010/2/1

  1. Array間演算子とウェイト係数が保存できないバグ修正。

4.0.21 2010/1/27

  1. 英語表記の改良

4.0.20 2010/1/25

  1. 16文字以上のフィーチャーは登録およびインポートできないようにする
    • 改良理由:GenBank EMBL DDBJには16文字以上のフィーチャーは登録できないため。

4.0.19 2010/1/7

  1. フィーチャーレイアウト保存時の不具合修正

4.0.18 2009/12/17

  1. Mac版Blastインストール方法の変更
    • 改良理由:Mac OS X.6への対応

4.0.17 2009/12/17

  1. annotationウィンドウでバッチホモロジー検索が実行できないバグ修正
  2. レイアウトセットを変更するとTiling Arrayのオプション設定が開かなくなるバグ修正
  3. インポートしたArrayデータがTiling Arrayオプションウィンドウに出てこないバグ修正

4.0.16 2009/12/9

  1. 脱リン酸化処理を塩基配列の片側だけに適用
    • 改良理由:実験に即した改良
  2. BEDフォーマットの出力時にスコアにNullを入れる
    • 改良理由:他ソフトとの連携のため

4.0.15 2009/12/8

  1. 1種類の制限酵素で切断したものをライゲーションすると同じ制限酵素で切断できないバグ修正

4.0.14 2009/11/27

  1. BEDフォーマットの出力機能追加。 Fileメニュー → Export Feature(BED)で出力
    • 開発理由:利用者からの要望
  2. BEDフォーマットのインポート時にFeatureとQualifierを設定するように変更
    • 改良理由:操作性の向上
  3. メインウィンドウからJavaボタンとInformationボタンを廃止

4.0.13 2009/11/26

  1. パターン検索結果をInsert Net Featureする時に小文字のパターン部分はフィーチャーとして登録しないようにする
    • 改良理由:利用者からの要望
  2. sourceのQualifierにhaplogroup追加
  3. Qualifierのスペルが間違っていたので修正。 enviromental_sample → environmental_sample

4.0.12 2009/11/25

  1. 複数検索結果に各ファイルの結果数表示。 Feature検索、キーワード検索、パターン検索、Classification検索、入力Queuryによるホモロジー検

索、バッチホモロジー検索。

  • 改良理由:操作性の向上
  1. Feature検索結果とClassification検索結果にFeatureの削除機能追加
    • 改良理由:操作性の向上
  2. BEDフォーマットファイルのインポート機能追加
  3. ESTマッピング結果ウィンドウにあるQualifier設定項目をInsert Net Feature後のフィーチャー選択ウィンドウに移す
    • 改良理由:操作性の向上
  4. 起動画面にJavaバージョン、OS名、ドングルドライバーのバージョン追加
    • 改良理由:操作性の向上

4.0.11 2009/11/19

  1. 編集プールの全データを検索対象にする処理追加。 Feature検索 Keyword検索 Pattern検索 Classification検索 入力クエリーによるホモロジー

検索 バッチホモロジー検索

  • 開発理由:利用者からの要望
  1. マッピング処理ウィンドウに最大イントロンサイズ設定項目追加
    • 開発理由:真核生物対応
  2. バッチ―ホモロジーの結果出力のオン/オフ機能追加
  3. 核酸配列に関する未対応のQualifierを追加
  4. アミノ酸配列に関するFeatureとQualifierを追加

4.0.10 2009/11/9

  1. メインウィンドウ上で、FLSの変更が可能に
    • 改良理由:操作性の向上
  2. 新レイアウトでキーワード検索で絞り込んだフィーチャーのみを表示したフィーチャーマップの印刷機能を追加
    • 改良理由:利用者からの要望

4.0.9 2009/11/6

  1. 制限酵素マップをフィーチャーマップ上に描画・印刷可能
    • 開発理由:利用者の要望に応えた

4.0.8 2009/11/4

  1. フィーチャーインポート機能にAUGUSTUS追加
  2. 同一フィーチャー内の同一種同一値Qualifierを縮退する機能追加
    • 開発理由:アノテーション作業の効率向上
  3. 同一位置の同一キーフィーチャーを1つにまとめるFeature Fusion機能追加
  4. 開発理由:アノテーション作業の効率向上
  5. フィーチャー登録時にテンプレート利用可能
    • 開発理由:利用者の要望
  6. フィーチャーインポート機能に自動連番付加機能追加
    • 開発理由:利用者の要望
  7. EST(cDNA)マッピングに自動連番付加機能追加
    • 開発理由:利用者の要望
  8. アミノ酸配列のゲノム塩基配列上へのマッピング機能
    • 開発理由:利用者の要望
  9. レーン移動が可能
    • 開発理由:利用者の要望
  10. アレイプロファイルレーンの1つのマップ上への表示数を無制限に拡大
    • 開発理由:利用者の要望
  11. プロファイル レーンを1つのマップに複数表示可能
    • 開発理由:利用者の要望
  12. パック レイアウト
    • 開発理由:ESTのように多数の同種フィーチャーが存在する場合、フィーチャーマップをよりコンパクトに描画するため。
  13. フィーチャーレイアウトスタイル交換機能
    • 開発理由:利用者同士が同じFLSを使いたいという要望
  14. フィーチャーレイアウトスタイル機能
    • 追加理由:より自由度の高いフィーチャーマップを描画するため。

4.0


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Last-modified: 2018-08-28 (火) 13:38:45 (83d)