IMC Version Up History 7

Last Modified: 2018-08-28 (火) 14:33:28
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7

7.26 2018/08/27

  1. メニューが変更されました
    • Genome Analysis -> Create -> Multiple Alignmentから上位メニューに上がり、Genome Analysis -> Multiple Alignmentとなりました。
    • Genome Analysis -> Createは、Genome Analysis -> Feature Operationに変更されました
    • Genome Analysis -> Create以下にあったFeature Fusionは、名称はそのままで Genome Analysis -> Feature Operation -> Feature Fusionとなりました。
    • Genome Analysis -> Create以下にあったOverlap Featureは、名称を変更して、Genome Analysis -> Feature Operation -> Feature Operatorsとなりました。
  2. IMC Setup DVDからのドングルドライバーインストールの問題が解決されました。
  3. Frame Laneのストップコドン不在領域表示についても、Genetic Tableを参照する方法に変更されました。
    • 指定されているGenetic Tableのストップコドンを使用して、ストップコドン不在領域を表示します。
  4. Settings -> Feature Settting -> Blast Color設定において、判定条件に会わず、条件フィルターを通り抜けた検索結果専用の塗りカラーが設定できるようになりました。
  5. Gene Cluster Alignmentにおいて、相同性のあるFeature間を結合する帯の描画が改良されました。
    • 帯がフィーチャーの外部から描画されるようになりました。

7.25 2018/08/22

  1. レファレンスディレクトリーツリーの配列ノードをドラッグして移動しても、レファレンスリニアゲノムマップの位置が移動しないバグが解消されました。
  2. ORF Extractionに使用するスタートコドン、ストップコドンを指定したGenetic Tableから参照するように変更されました。
    • 従来はストップコドンを直接指定していました。
  3. Gene Cluster Alignmentの表示方法が改良されました。
    • 相同遺伝子を結合する帯の描画色がBlastスコアカラーに関連付けられました。

7.24 2018/08/14

  1. 複数サンプルの制限酵素断片ゲル電気泳動で、最大24レーンまで表示できるようになりました。
    • 1ページに表示するレーン数を変更できます。
  2. Gene Cluster Alignmentの相同遺伝子を結合する線分の間が塗りつぶし表示に変更されました。
    • 印刷、画像出力にはまだ対応していません。
  3. DVDからのセットアップにおいてアミノ酸データベースの登録ができないバグが修正されました。

7.23 Not Released

7.22 2018/08/03

  1. Multiple Trace Chart機能が改良されました。

7.21 2018/07/30

  1. Global Genome Rearrangement Mapにおいて結果表示Windowsの幅を950pixel以下にすると描画が乱れる問題が修正されました。
  2. Mutation Searchで多数のSNPを一度に「Insert as New Feature」処理すると「For input string error」となる問題が修正されました。
  3. 以下の表記を修正しました。
    • Sub Menu Itemのうち「Search Pathway for ARM」を「Search Pathway by ARM」に変更しました。
    • Global Genome Rearrangement Mapの実行ダイアログ上の表示で、「Search without homology area」 は「Show non Homologous Region」に変更されました。

7.20 2018/07/30

  1. A.A. Mappingにて「For input string "M"」というエラーメッセージが表示される不具合が解消されました。

7.19 2018/07/27

  1. Mutation Searchにおいて、以下の改良が行われました。
    • 結果の変異箇所を選択した場合メインフィーチャーマップの配列レーンの対応塩基がハイライトされます。
    • 参照ゲノムマップの対応位置に、その変異箇所塩基を表示します。
    • 変異リストに表示された変異から選択された変異を新規フィーチャーとして登録する機能が追加されました。
      • この場合は、Current FileのQualifier /note=に変異塩基を記述する

7.18 2018/07/23

  1. 新規メニューアイテム「Genome Design」が追加されました。ゲノム設計関連機能が移動します。
  2. 複数のゲノム配列に対して、制限酵素消化を行った場合に複数レーンのゲル電気泳動が表示できるようになりました。
  3. Homology Search およびPrimer Design関係の実行ダイアログの戻りボタンの仕様が変更されました。

7.17 2018/07/15

  1. 期限限定ライセンス販売開始のため、ライセンス使用期限までの日数が表示されるようになりました。
    • 永久ライセンスでは正しく表示されません。

7.16 2018/07/12

  1. 一部のダイアログ上の表示を変更しました。

7.15 2018/06/29

  1. Mutation AnalysisのCSV出力ファイルのフォーマットに項目が追加されました。
    • 変異部位の遺伝子名(gene)とlocus_idが追加されました。

7.14 2018/05/31

  1. 変異検索機能が追加されました。
    • Genome Analysisメニュー → Compare → Mutation Searchで参照配列を選択します。。
    • カレントデータのCDSをクエリーにして参照配列に対してホモロジー検索(blastp)を実行します。
    • 双方向性がチェックされます。
    • トップヒットのCDSの核酸配列でアライメントが実行されます。
    • 変異箇所が検索されます。
    • 結果が表示されます。
    • 結果をクリックすると対象の位置にジャンプします。
    • 検索範囲として、CDSおよびIntergenic regionの区別を選択できます。

7.13 2018/05/30

  1. フィーチャキーの形状に異なる太さの垂直線が追加されました。
    • 太さは1〜5ピクセルです。
    • フィーチャーの中心に描画されます。
    • エクソン、イントロンなどJoinで分かれてる場合は各joinの中心に描画されます
  2. コドン置換機能で、全CDS一括処理の他に指定したCDSのみを処理する機能が追加されました。
  3. 参照ゲノムにfastaファイルまたはCDSを持たないgenbankファイルをロードして、ホモロジー検索を実行するとエラーとなるバグが修正されました。
  4. 環状ゲノム(N,1)をまたぐ配列でプライマーをデザインするとN,1をまたぐ配列を増幅できないプライマーがデザインされるバグが修正されました。
    • デザインされたプライマー自体は問題がありませんでした。
    • デザイン結果の位置設定でバグがありました。
  5. プラスミドマップである条件を満たすとフィーチャーが表示されないバグが修正されました。

7.12 2018/04/15

  1. Bug #2188: N,1をまたぐフィーチャーの位置情報表示の際、Nより大きい値が表示されるバグが解決されました。
  2. Bug #2189: 指定範囲の右クリックで表示されるメニューが異なる場合がある問題が解決されました。
  3. Spec #2187: 指定範囲を増幅する最適プライマーをすでに登録されたプライマー中から検索する機能が追加されました。
  4. Spec #2190: CDSを特定の制限酵素で切断されないように配列置換する機能が追加されました。
    • 置換するコドンは指定されたコドン頻度表に基づき、使用頻度の高いものを選択する。
    • 置換されたコドンはQualifier /modified_base=に保存する。
  5. Spec #2186: LGRMにて、Multiple CSVファイル出力を自動的に保存するように変更されました。
    • 従来は、解析の最後にダイアログが表示され、保存するかどうかを尋ねられました。
    • 今回修正後は、実行前に保存するかどうかを尋ね、実行時にはその指定に基づき自動的に保存を行い、終了するように変更されました。

7.11 2018/02/21

  1. Bug #2178: カレント配列指定を解除しても、LGR Mapのミスマッチリストが開いたままになるバグが修正されました。
  2. Bug #2180: 同一階層に類似したディレクトリ名を作成すると配列のコピーやカレントフォルダーの移動ができないバグが修正されました。
    • 例えばc:\seqをルートディレクトリしてその下にE.coliとE.coli.O157というディレクトリを作るとE.coliからE.coli.O157にドラッグ&ドロップで配列をコピーできない。
    • またE.coliをカレントディレクトリとした後にE.coli.O157をカレントディレクトリにできない。
  3. Spec #2174: LGRMのMultiple CSVファイル出力でMainの基準ゲノムとの一致塩基を表示する機能が追加されました。

7.10 2018/02/16

  1. Primer Feature Positionが1塩基ずれるバグが修正されました。
    • Insert New Feature でマップ上にプライマーをフィーチャーとしてを登録すると、1塩基分ずれて登録されていました。
  2. ディレクトリツリーのファイル名をソートする機能が追加されました。
    • カレントディレクトリ上で右クリック → Sort Filename → 昇順/降順でソートが実行されます。
    • ソートできるのはカレントディレクトリのみです。

7.09 2018/02/13

  1. LGRM実行時にエラーとなるバグが修正されました。
    • (N,1)の位置にCDSが存在する場合にエラーとなっていました。
  2. Main Current FolderからReference Current Folderへのコピー時に、すでに同一の配列が存在する場合のメッセージが変更されました。

7.08 2018/01/24

  1. LGRMの連続実行と実行結果の結合ができるようになりました。
  2. LGRMのアミノ酸配列表示がずれるバグが修正されました。

7.07 2018/01/16

  1. LGRMの実行時にベースとなるゲノム配列のコピーを生成し、そのコピー上でLGRMが実行されます。このため、LGRMのMismatch Listはコピー側に保持され、従来のように元のゲノム配列を再ロードする時にLGRM Mismatch List Windowが表示されることはなくなりました。
  2. Frame Laneが表示されないバグが修正されました。
  3. DotPlotのXY比率維持ズームがマウスホイールで操作できるようになりました。

7.06 2018/01/12

  1. Codon Usage Windowから起動することができる「Codon Position List Window」から以下の機能を実行できるようになりました。
    • 選択したコドン位置を新規フィーチャーとして登録できます。このとき、任意のフィーチャーキーを選択できます。
    • 選択したコドンを別のコドンで置換できます(このコドンはフィーチャーとしてあらかじめ登録しておく必要があります)。また、そのフィーチャ―の/note=には、置換前のコドンが記録されています。
  2. Local Genome Rearrangement Map (LGRM)から出力されるCSVファイルにヘッダーが付与されました。
  3. Local Genome Rearrangement Map(LGRM)が処理途中でフリーズしてしまう問題が解決されました。
  4. CDSにイントロンが含まれる時、配列レーンに表示するアミノ酸の表示位置がずれてしまう(第2エクソン以降)問題が解決されました。

7.05 2017/12/21

  1. Featureのon sequence表示でリバース側の表示位置が1塩基ずれるバグが修正されました。

7.04 2017/12/08

  1. Codon Usage Windowの各コドンからその出現位置のリスト表示するウィンドウが追加されました。
    表示項目
    ゲノム位置、genename, Productなど、
    • そのリストの1行をクリックすると、フィーチャーマップの該当する位置に移動します。
    • またその時、Sequence Laneの該当するコドンをハイライトします。

7.03 2017/12/06

  1. ホモロジー検索結果からホモロジー領域への移動ができなくなったバグが修正されました。
    • 一覧をクリックすると対応する位置に移動してホモロジー領域が薄い青色で反転します。

7.01 2017/11/26

  1. Frame LaneのStop Codon不在領域(複数)から直接Multiple Exon CDSを登録できるようになりました。
  2. Cloningメニュー構成が変更されました。
  3. ファイルロードの最後でフリーズするバグが解消されました。
  4. ズームアウト機能が改善されました。
  5. Feature MapのPrimerフィーチャーを選択して、マウス右クリックでプライマー登録できるようになりました。
  6. Feature Layout Styleをスタイル毎に保存することができるようになりました。
  7. Search Unique Region機能において、リストをクリックするとその位置のフィーチャーマップを表示するようになりました。
  8. 現在使用中のFeature Layout StyleをDefault Styleとするボタン名称が「Default」から、「Save the Style as Default」に変更されました。
  9. Primer Design Parameter のOutside Primer Search Rangeのデフォールト値が変更されました。
  10. Primer Design Parameterの単位の間違いが修正されました。
  11. 画面キャプチャー機能に、「指定範囲キャプチャー」が追加されました。
  12. 従来長すぎる名称が生成されていた自動生成連番が短くなりました。保存された連番の開始番号+生成されるファイル数分の桁数に自動設定されます。
  13. 従来分かりにくかったFeature Settingファウルの保存、適用機能が改良されました。
  14. すべてのFeature Keyをon sequence lane表示指定できるようになりました。
  15. 拡張ディスカッション使用時に、サブディスプレイにあるウィンドウをキャプチャーできないバグが修正されました。
  16. 従来、6.0.44のように、3つの数値で表現されていたIMC Version 名が、7.01のように2つの数値での表現に変更されました。
  17. 正式に公開されていなかったツール群を公開しました。

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Last-modified: 2018-08-28 (火) 14:33:28 (23d)