IMC INDEX Function List by Menu and Buttons

Last Modified: 2014-08-19 (火) 16:14:17

This is the list of IMC functions for each menu.

Main Menu and Main Tool Buttons

M : FILE

M B: Load Sequence File...

  • Load Sequence File Selection Dialogを起動します。
  • このDialogから塩基配列ファイルおよびアミノ酸配列ファイルをMainSequenceFolderにロードします。
  • ロードされた配列の中で選択された配列はMainFeatureMapに表示されます。

M B: Sequence Direct Input...

  • Enter Sequence Windowを起動します。
  • このWindowから、配列を直接入力し、MainSequenceFolderにロードします。

M B: Sequence Type Check

  • MainSequenceFolderにロードする配列の種類を指定します。
  • 3種のトグルメニュー・ボタンになっており、1回選択あるいはクリックするたびに設定が以下のように変わります。
    • N.A. --> A.A. --> Auto --> N.A.

M B: Save...

  • カレント配列を上書き保存します。
  • 実行前に確認メッセージが表示されます。

M B: Save As...

M B: Save as Pure GenBank File

  • 不必要Qualifierの除去処理

M B: Save as Multiple Format

M B: Save as t-Join Format

  • 複数のGenBank形式ファイルを1つのGenBank形式ファイルに結合します。
    • このとき、各配列間に任意の配列または指定個数のN塩基を挿入できます。
    • 指定したFeature KeyやQualifierを出力配列から自動的に除去することができます。
    • 結合対象配列ファイルは、2種の選択方法があります。
      • カレントmainフォルダー上で複数選択する方法
      • ファイル選択ダイアログで複数ファイルを指定する方法
    •  結合されたGenBank形式配列ファイルは、指定したフォルダーおよびファイル名で保存できます。
      • デフォールトは、カレントmainフォルダー上に保存します。

M B: Print...

M B: Load Sequences to RFM...

M B: Import...

  • CSV形式のフィーチャーファイルからのマッピング
  • Glimmerによる遺伝子同定結果のフィーチャーマッピング
  • GeneScan?による遺伝子同定結果のフィーチャーマッピング
  • tRNAScan-SEによるtRNA同定結果のフィーチャーマッピング
  • 旧GenomeGAMBLERの遺伝子同定結果のフィーチャーマッピング
  • XanaGenomeの遺伝子同定結果のフィーチャーマッピング

M B: Import

M B: Import InterProScan? Result...

M B: Import External Server Results...

  • 外部のサーバで実行したBLASTの結果をインポート

M B: Export

M B: Export Features(CSV)

M B: Export Sequence(FastA in Range)

  • FastA形式ファイル

M B: Export Sequence(FastA in Length)

M B: Export Features and Sequences(DDBJ)

  • DDBJ大量塩基配列登録用ファイル作成

M B: Export FeatureDefinitionsFile?(BED)

M B: Save Content and Profile

M B: Create Blast DB...

  • ローカルコンピュータ上へのBLAST検索用データベースの作成
  • 外部サーバ上へのBlast検索用データベースの作成

M B: Expand Multiple GenBank File...

  • 多数(数万配列)の注釈塩基配列が1つのファイル中に圧縮格納されているケースで、その各配列の注釈から生物種名(Organism)を読み取り、Taxonomyに従いツリー状のディレクトリ(フォルダー)に展開格納する
  • ExpandSetting?ウィンドウが起動されます。

M B: External Link...

  • Link to Data Sitesウィンドウが起動されます。

M B: Launch File Checker

  • File Checkerを起動します。

M : Exit

  • IMCを終了します。
    • 編集済の配列で保存されていないものがある場合には、確認メッセージが表示されます。

M : Edit

M B: Copy Sequence to Clipboard

Paste Sequence from Clipboard

Restore All Features from Deleted

Delete All Features Completely

Delete All the Features in the Range

Select All

View

Launch the Reference Feature Map...

wiki
IMC_ReferenceGenomeMapEN?gbni_s.gif &lastmod(IMC_ReferenceGenomeMapEN);
IMC_ReferenceGenomeMap?japan_s.gif &lastmod(IMC_ReferenceGenomeMap);
  • フィーチャーマップとの連動機能
  • フィーチャーマップとの相同性検索機能
  • 表示ゲノム入れ替え機能
  • フィーチャー表示カスタマイズ機能
  • 複数の染色体のフィーチャーマップを併置
  • スクロール・ズーム
  • フィーチャーマップ間の相同性検索
    • 核酸配列相同性検索およびアラインメント
    • アミノ酸配列相同性検索およびアラインメント
  • 各染色体の表示列を移動

Launch the GenBank/EMBL Viewer...

Launch the Sequence Viewer...

Launch the Annotation Viewer and Editor...

Launch the Circular Genome Viewer and Editor...

  • 複数の注釈付染色体塩基配列の任意のフィーチャーを表示
  • 表示順序変更
  • 複数の染色体塩基配列の任意のコンテント・スキューを表示
  • 指定した条件に一致するFeatureのみの表示
wiki
IMC_CircularGenomeMapEN?gbni_s.gif &lastmod(IMC_CircularGenomeMapEN);
IMC_CircularGenomeMap?japan_s.gif &lastmod(IMC_CircularGenomeMap);

Launch the Trace Chart Viewer...

Label On/Off Menu

Feature Drawing Color Selection Menu

Search

Feature Key Registration

  • フィーチャーキー新規登録

Feature Key Search

  • Feature Key Search Functions and Operations?
  • 外部のサーバで相同性検索を実行するためのクエリー配列準備

Key Word Search

  • Key Word Search Functions and Operations?
  • Qualifier値のキーワード検索
  • 任意のQualifier値をAND/OR検索
  • 検索結果のみをフィーチャーマップに表示する機能

Sequence Pattern Registration

  • Functions and Operations?

Sequence Pattern Search

  • Functions and Operations?
  • 塩基配列パターン検索
  • ミスマッチ検索
  • CDS/RNA上のアミノ酸配列検索
  • 遺伝子間領域あるいは遺伝子上流指定塩基以内の領域探索

Classification Code Search

EC Number Search

Move

Zoom In

  • Main Feature Mapの横ズームインボタン
    • 一回のクリックのズーム量を変更可能です。
    • 押し続けると連続ズームします。

Zoom Out

  • Main Feature Mapの横ズームアウトボタン
    • 一回のクリックのズーム量を変更可能です。
    • 押し続けると連続ズームします。

Show Region...

  • 指定した塩基範囲のフィーチャーマップを表示します。
    • 範囲指定ダイアログが表示されます。
    • 1塩基単位で範囲指定可能です。

Option Setting

Feature Settings

Machine Dependent Settings

Feature Layout Style Setting

Lane Style Settings

Cloning

RE Recognition...

  • Fine Restriction Sites?
  • 制限酵素によるDNA塩基配列の認識部位検索
  • DAM/DCMによる非切断部位の表示
  • 制限酵素認識部位のマップ表示
  • 制限酵素認識部位のフィーチャーとしての登録
  • 制限酵素によるDNA塩基配列の消化切断(注釈付)
  • 平滑化:Blunting
  • 制限酵素消化断片のゲル電気泳動
  • インサートチェックに最適な制限酵素の探索
  • T-Vectorの生成

Primer Registration...

  • プライマーを登録します。

PCR Primer Design...

  • 塩基配列をドラッグしてPCR Primerとして登録
  • 指定領域を増幅するPCR Primerセット自動設計
  • ゲノム上の指定フィーチャー全部を増幅するPCR Primerセット自動設計
  • ゲノムを等間隔で増幅するPCR Primerセット自動設計
  • PCR Primer管理
  • PCR Primerへの変異導入
  • PCR Primer末端へのタグ配列付加

Batch PCR Primer Design...

  • 指定したFeature Keyを持つ領域をPCR増幅するためのPrimerセットを設計します。

Whole Genome PCR Primer Design

  • 指定したゲノム領域をPCRサンブルでカバーするための一群のPrimerセットを設計します。

Sequencing Primer Design

  • Sequencing用のPrimerを設計します。
  • 指定したゲノム領域をシーケンシングするためのプライマーセットを設計します。
    • 平均シーケンシグ塩基長を指定します。

PCR for Multiple Templates...

  • 1塩基突出末端の生成
  • 脱リン酸化・リン酸化

In-Fusion Primer Design

Homology Arm Design

  • 相同組換用のホモロジーアームを設計します。

Homologous Recombination...

  • 相同組換を実行します。

Contig Bridge...

Ligation

  • セルフライゲーション
  • 2つのDNA断片のライゲーション
  • TAクローニング:TA Cloning

Plasmid Map Viewer...

  • インサートを吹き出しにしたプラスミドマップの作成
  • プラスミドマップの印刷
    • PDF, EMF, PNG

Edit Sequence...

Cutting Off Sequence...

  • 指定したゲノム領域をカットします。

Add RE Site...

  • Add Restriction Enzyme Recognition Site?

Add T-base...

Blunting..

Phosphorylation...

Genome Analysis

Genome Information

Show Codon Usage...

  • 全CDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示、ファイル出力可能です。
  • 特定の領域に存在する複数のCDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示、ファイル出力可能です。
  • 特定の1つのCDSフィーチャーのコドン使用頻度表を表示、ファイル出力可能です。
  • コドン使用頻度表:Codon Usage

Feature Statistics...

Reverse Complement

  • フィーチャーマップ反転機能

Extraction

ORF Extraction...

  • カレント塩基配列からORFを抽出します。抽出アルゴリズムは以下の3種類が使用可能です。
    • Longest Stop-to-stop method
    • MetaGeneAnnotator?(東京工業大学:野口教授)
    • Augutus

Translation...

Mapping

SNPs File Mapping

  • SNPsの塩基配列ファイルを由来するゲノム上にマッピングすることができます。
    • JSNPファイルのマッピング

EST Mapping...

  • 多数のFastA形式のcDNA塩基配列ファイルを由来するゲノム上にマッピングし、新たなフィーチャーとして登録することができます。
  • ゲノム塩基配列上へのcDNA塩基配列ファイルマッピング
  • 複数のゲノム塩基配列からマップできる配列を探索するcDNAマッピング

Trace Mapping...

  • シーケンサーから出力されたファイルをそのままIMCにインポートし、由来するゲノム上にマッピングおよびフィーチャー登録することができます。
    • ABI/SCFファイルのマッピング
    • マップされた塩基配列の多重併置(マルチプルアラインメント)表示
    • マップされたABI/SCFファイルの多重波形表示

A.A.Sequence Mapping...

EST Mapping by DB...

Show Homology

Homology Search by Input Query...

Batch Homology Search by Feature...

  • 全ゲノム領域自動ホモロジー検索
  • 任意の指定領域自動ホモロジー検索
  • 未検索フィーチャーのみの自動ホモロジー検索
  • 指定Qualifierの注釈自動転記機能

Batch Homology Search by Sequence...

Search

Operon Extraction...

Repeat Search...

Search Unique Regions...

Genome Comparison

List EC Number Common among Genomes

DotPlot...

wiki
IMC_DotPlotEN?gbni_s.gif &lastmod(IMC_DotPlotEN);
IMC_DotPlot?japan_s.gif &lastmod(IMC_DotPlot);

&ref(): File not found: "vennd.png" at page "IMC_INDEX_FunctionByMenuJP"; VENN Diagram...

PDF
fileIMC_O04.en.pdf gbni_s.gif
fileIMC_O04.ja.pdf japan_s.gif
wiki
IMC_VennDiagramEN? gbni_s.gif &lastmod(IMC_VennDiagramEN);
IMC_VennDiagram? japan_s.gif &lastmod(IMC_VennDiagram);

Global Genome Rearrangement Map...

ゲノム・リアレンジメントマップ描画・印刷?

  • 複数の染色体間の領域別塩基相同性によるマップ
  • 複数の染色体間の領域別アミノ酸相同性によるマップ
  • 解析結果をCSVファイル出力
  • ゲノム・リアレンジメントマップとフィーチャーマップ、レファレンスマップの連動

Multiple Alignmen...

  • ClustalWを使用するマルチプルアラインメント

Feature Generation

Feature Fusion

Annotation

Genome Auto Annotation...

Transcriptome Auto Annotation...

Metagenome

16SrRNA Metagenome Analysis

Array Analysis

Probe Design

Probe Import and Mapping

  • Affymetrix Probeマッピング
  • Agilent Probeマッピング
  • Nimblegen Probeマッピング
  • SLIM SearchによるProbeマッピングの高速化(別売ソフトウェア必要)

Array Import

  • Affymetrix CELファイルインポート
  • Nimblegenファイルインポート

Auto Process of Probe and Array Import

Tiling Array Option Settings

アレイ内データ補正

  • 発現強度値分布グラフ表示
  • 発現強度値累積分布グラフ表示
  • PM - MM 変換
  • 全域Trimming(順位、比率、発現強度)
  • 塩基配列ウィンドウ内トリミング(順位、比率)
  • プローブ数ウィンドウ内トリミング(順位、比率)
  • 平均値・中央値移動
  • 補正計算順序変更自由
  • 補正計算セットのコピーアンドペースト

Calculation

Array Statistics

Peak Detection

Error Probe List

  • エラープローブリスト表示機能
  • エラープローブリストCSVファイル出力機能
  • エラープローブからのフィーチャーマップ、プロファイル移動機能

Two-Dimensional Plot

Clustering

  • 遺伝子上発現強度および遺伝子間発現強度でのクラスタリング
  • 発現強度値の対数変換
  • アレイ別遺伝子別発現強度マトリックスの描画
  • マトリックスのピクセル表示
  • 発現強度段階の自動カラー設定
  • クラスタリングツリーの描画
  • マトリックスの印刷(PDF,WMF,PNG)
  • 結果の保存と再読込み

プローブレベルから遺伝子レベルのデータ変換

  • CDSフィーチャー上やCDS間にマッピングされるプローブの発現強度をトリム集計

Load Clustering File

Help

Operation History

Lab Note...

  • ラボノート機能
  • インシリコ実験操作自動記録機能
  • 記録選択表示機能
  • 記録印刷機能

Help

Update Help...

Update IMC...

  • IMCの最新版がダウンロードできる状態にあるか否かを確認する
    • 起動時に自動確認する
    • 任意の時点で手動確認する
  • 確認後、最新版をダウンロードする
  • 確認後、最新版をインストールする

Java Information

Version Information ...

Pull Down Menu on Main Window

(Feature) Layout (Style Selection)

Popup Menu on Sequence Loading Directory Tree

On Top Node

Change Root Directory

Create New Folder

Show Hidden Folders

On Sequence Folder

Hide (This Folder)

On Sequence Node

Remove (This Node)

Popup Menu on Trash Box

Empty Trash

Popup Menu on Trash Box Window

Restore Sequence

Empty Trash

Pop Up Menu on Main Feature Map

Menu on the Reaction Tube

Remove (Unload the Sequence)

Menu on a Sequence Lane

Set Up the Feature Lane

Restore All the Feature from DeletedStatus?

Delete All Features Completely

Menu on a Feature Lane

Menu on a Feature on a FeatureLane?

Setup Feature Lane...

(Launch) Description Window...

Duplicate Feature

Delete Whole Feature

Delete Position

(Set) Annotation Grade

Show Homology N.A.

Show Homology A.A.

Show Homology N.A.(Nucleotide Sequence DB)...

Show Homology A.A.(Amino Acid Sequence DB)...

Show Homology N.A.(NETBLAST)

Show Homology A.A.(NETBLAST)

Show Batch Homology Search Result

Show Journal

Show 3D Structure

Show A.A. Alignment

Show Trace Chart

Show Chart Multiple Alignment

Show Codon Usage

Show Start Codon Candidates

(Launch) Annotation Window

Show A.A. Profiles

Translate

Copy N.A. to Clipboard

Copy A.A. to Clipboard

Copy Sequence and Features to Clipboard

Copy Reverse Complement Sequence and Features to Clipboard

Set Qualifier

フィーチャー操作

  • フィーチャー新規登録、変更、削除
  • フィーチャーのQualifier変更
  • フィーチャーへの文献ファイルの付加・閲覧
  • フィーチャーへの立体構造ファイルの付加・閲覧
  • フィーチャーの形状、カラー、描画位置変更

A.A. Profile...

  • 親水性指標
  • 疎水性指標
  • 表面性指標
  • アミノ鎖柔軟性指標
  • 極性基指標
  • 分子量指標
  • 二次構造指標
  • 重み付け総合指標の作成機能
  • Motif表示機能

Menu on a SelectedRegion? on a FeatureLane?

Menu on a ContentProfileLane

Menu on a ArrayProfileLane?

Menu on the ReferenceTube?

Menu on the Reference Map

Popup Menu of Other Window

Functional Buttons on Other Window

Description Window

Copy (Nucleic Acid Sequence) to Clipboard

Copy (Amino Acid Sequence) to Clipboard

Annotation Window

  • Feature Descriptionの表示
  • Homology Search結果の表示
  • 配列表示のカスタマイズ
  • Start Codon候補の表示・変更
  • SD配列(RBS)の表示
  • CDS領域表示のカスタマイズ

Homology Search...

(Save as) CSV (File)...

(Save as) FastA (Files)...

Page Setup...

Print...

(Save as) PDF (File)...

(Save as) PNG (File)...

(Save as) EMF (File)...

Homology Search (Result Window)

Show Alignment)

Multiple Alignment...

(Save as) CSV (File)...

(Save as) FastA (Files)...

Multiple Alignment (Result Window)

Phylogenetic Tree

Sinple Editor...

Page Setup...

Print...

Copy to Clipboard

Codon Usage (Result Window)

(Save as) CSV (File)...

Menu of Tools

PTREE

FILE: Open DND File...

FILE: Page Setup

FILE: (Save as) PDF (File)...

VIEW: Redraw

VIEW: Tree Style...

VIEW: Show Lenth

SETTINGS: Option Settings...

HELP: Version Information

Simple Editor (of Alignment)

Make Consensus

Option Setting...

File Checker

in silico Assembler

iSpdier

TaxiSpider

移動対象

フィーチャーマップ描画・閲覧・操作・印刷

配列付フィーチャー操作

  • 領域指定配列付フィーチャーコピー機能
  • 配列付フィーチャーペースト機能
  • 任意のフィーチャー領域の核酸配列のクリップボードへのコピー機能
  • 任意のフィーチャー領域のアミノ酸配列のクリップボードへのコピー機能
  • フィーチャーマップ上の任意の領域の塩基配列をFastA形式でファイル出力機能

フィーチャーマップ描画・操作・印刷

  • ワイドレンジズーム・スクロール
  • ジャンプ機能
  • フィーチャーカラー表示
    • 相同性スコア等によるカラー分類表示
    • カテゴリによるカラー分類表示
    • EC番号によるカラー分類表示
    • 任意の分類体系によるカラー分類表示
  • フィーチャーラベル表示
    • 任意のQualifierをラベルとして表示
    • 任意のラベルを付加
  • フィーチャーマップの印刷
    • PDF, EWF, PNG

配列解析

配列組成解析

  • フィーチャーマップに表示されている領域の下記の組成プロファイルをグラフィカルに表示できます。
    • GC/AT Content
    • 単一塩基組成プロファイル
    • GC/AT Skew
    • Cumulative GC/AT Skew
    • FickettによるTestCode?解析プロファイル
  • フィーチャー別に、組成データをCSV形式でファイル出力できます。

ORF解析

  • GC含量、GCスキュープロファイルの表示
  • 原核生物ORF候補抽出
  • 開始コドンの変更
  • SD配列の登録と表示
  • ORF領域のアミノ酸翻訳

塩基配列組成・フィーチャー・コドン統計

  • フィーチャー位置リスト
  • フィーチャー別塩基組成・コドン統計

全自動アノテーション機能

  • 自動アノテーションサーバの設定
  • 自動アノテーションの実行

アレイ間データ補正・アレイ間演算

  • アレイ間重み付け四則演算
  • アレイ間平均値計算

発現強度値プロファイル表示

  • 最大6系列(順鎖6系列、逆相補鎖6系列)までのプロファイル同時並行表示
  • 逆相補鎖プロファイルの順鎖プロファイルへのオーバーレイ
  • アブノーマル値プローブの可視化(不可視化)
  • ズーム・スクロール
  • フィーチャーマップと並行して印刷
    • PDF, EMF, PNG

File Check

  • IMCに正しく読み込めるファイルであるか否かをチェックする

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Last-modified: 2014-08-19 (火) 16:14:17 (1794d)