IMC B3H Frame Lane


Last Modified:2018-01-16 (火) 16:54:38
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Examples

  • Frame Laneは6個のフレーム別にストップコドンが連続して出現しない領域を表示するレーンです。

    IMC6044_EY01_0015.png

  • 水色の領域がCDS候補となる領域です。

Functions

  1. Frame Laneは、6個のフレーム毎にストップコドンからストップコドンまでが指定コドン数以上ある領域を示します。
  2. Frame LaneはFeature Mapの任意の位置に移動することができます。
  3. Frame Laneの表示・非表示はボタンのワンクリックで切り替えることができます。

Restrictions

Algorithms

Operations

フレームレーンを現在のフィーチャーマップに追加する。

  1. フレームレーンをフィーチャーマップ上に追加表示したい配列をメインカレント配列にします。
  2. メニューから、Settings --> Layout Style...を選択、あるいはツールボックス上のLayout Styleをクリックします。
    • Layout Styleダイアログが表示されます。
  3. ダイアログ下部にあるAddをクリックします。
    • Lane Styleダイアログが表示されます。
  4. Lane Type をプルダウンし、「Frame」を選択します。そして、Setをクリックします。
    • Laneリストの一番下に、フレームレーンが追加されます。
    • Laneを移動したい場合は、チェックして、UpあるいはDownを連続してクリックします。
  5. Applyをクリックして、Closeをクリックします。

フレームレーンを一時的に非表示する

  1. Layout Styleダイアログ上で、Stop to Stopレーンの眼玉のアイコンをクリックします。
    • フレームレーンが非表示になります。

フレームレーンを削除する

  1. Layout Styleダイアログにて、Stop to Stopレーンのチェックボックスにチェックします。
  2. Applyをクリックします。
  3. このレイアウトスタイルを保存したい場合は、Save the Style...をクリックして、スタイル名を入力し、Setをクリックします。

表示するストップコドン間の塩基長を変更する

  1. メニューから、Settings --> Sequence Laneタブをクリックします。
    • Sequence Lane タブペインが表示されます。

      IMC6044_EY01_0009.png

  • Codon SettingグループのShow Area that Stop Codon is not Found within specified bases xxx bpのxxxの数値を3の倍数の別の数値に変更し、また、表示色を変える場合はカラーボックスをクリックして色を変更し、Applyをクリックします。

    IMC6044_EY01_0010.png

    IMC6044_EY01_0008.png

    IMC6044_EY01_0014.png

    IMC6044_EY01_0013.png

Input File Format

Result Format

Preparations

Selection of Operation Objects

Operation Procedures

Tips

Bug Information

Unfixed Bugs

Fixed Bugs

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