GT 13: Project and Data Management

Last Modified: 2018-12-23 (日) 14:08:38
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データ管理とプロジェクト

ここでは、GenomeTravelerでのデータ管理(参照ゲノム配列、入力Short Readおよび解析結果)方法とその操作について記述します。

入力データおよび解析結果のProject管理

GenomeTravelerでは、マッピング処理や、インポート処理、およびGenBank配列の読み込みに際して、かならずプロジェクトの登録を必要とします。

1つのプロジェクトは、1つのゲノムに対応させるのがよいでしょう。ゲノム塩基配列は、複数の染色体から構成されていても、さらに1つの染色体が複数のコンティグに分割されていても、構いません。また、変異株を登録してもよいでしょう。

  • Root Directory
    • GTの解析結果は現在選択されているRoot Directory以下に保存されます。
    • Root Directoryには以下の順序で階層的に各Nodeが生成されます。
  • Project Node
    • Project NodeはRootのすぐ下の階層です。1つのRootに複数のProjectを登録することができます。
    • Projectは、Importing, Pre-Processing, Assembling, Fragment Mapping, Paired-End Mappingの5種に分類されます。
      • Importing
      • Pre-Processing
      • Assembly Project
      • Fragment Mapping Project
      • Paired-End Mapping Project
    • Projectには参照ゲノムを対応づけることができます。
  • Reference Node
    • Reference Node には、複数の参照ゲノム配列を登録できます。登録する株数には制限がありません。
    • Chromosome Nodeは、Reference Nodeの下の階層です。Projectに対応する参照ゲノムに対して、このNodeでは上位のゲノムを構成するChromosomeやContigが登録されます。
  • Analysis Node
    • Process Node(Importing, Pre-Processing, Assembling, Fragment Mapping, Paired-End Mapping)は、解析の実行単位に生成されるNodeです。
  • Fragment Node(廃止)

プロジェクトの新規登録

Assemble, MappingおよびScafoldingは1つのProjectの下で実行する必要があります。このため、既存のProjectの下で実行するか、あるいは新規にProjectを登録します。

  1. Main Control 画面のNew (Project)ボタンをクリックします。
    • Project登録ダイアログが表示されます。
  2. Newをクリックします。
    • New Projectダイアログが表示されます。
  3. プロジェクト名を入力します。
  4. 適するプロジェクトタイプのラジオボタンを押します。
    • MappingプロジェクトにはMappingボタンを選択します。
    • AssembleプロジェクトにはAssembleボタンを選択します。
    • ScaffoldingプロジェクトにはScaffoldingボタンを選択します。
  5. OKをクリックします。
    • Project Name欄に登録したプロジェクトが選択表示されています。
    • Project Type欄のタブについては選択したプロジェクトタイプタブが開いています。

プロジェクトタイプの変更

プロジェクトタイプの変更はできません。

一旦削除して、再度別のプロジェクトタイプで新規登録する必要があります。

参照ゲノム・Chromosome塩基配列の登録

選択したプロジェクトに参照ゲノム配列を登録する場合は、Project Type欄のChromosomeに塩基配列ファイルを追加します。この場合、複数の染色体から構成されていても構いません。また、各染色体が複数のコンティグから構成されていても構いません。指定できるファイルタイプは、GenBank/EMBL形式あるいはFastA形式です。

  1. Addをクリックします。
    • New Chromosome登録ダイアログが表示されます。
  2. 参照ゲノムの各染色体(Chromosome)ファイルあるいはファイルが格納されているディレクトリを指定します。
  3. 1個のファイルを登録する場合は、Fileラジオボタンをオンにして、Refをクリックし、単一のファイルを指定します。
  4. 複数のファイルを一度に登録する場合は、Directoryラジオボタンをオンにして、その参照ゲノムの複数の染色体やコンティグが格納されているディレクトリを指定します。
  5. OKボタンをクリックします。
    • 指定されたファイルがGenome File ListウィンドウのFile Listに表示されます。
    • Genome File Listは以下のソートキーでソートすることができます。
      • PATH
      • NAME
      • ORDER
    • Genome File List上において、その表示順やChromosome Nameを変更できます。
    • また、Genome File Listの各参照配列をその順番で結合することができます。この場合は、各配列の間に任意の個数のN塩基を挿入することができます。
    • この時点では読み込まれた参照ゲノム配列は、まだプロジェクトに登録されていません。
  6. 読み込まれた参照ゲノム配列のプロジェクトへの登録は以下のように操作します。
  7. 登録するChromosomeのチェックボックスにチェックします(複数選択、全部選択可能)。
  8. Setをクリックします。
    • チェックされた参照ゲノム配列がその順番でプロジェクトに登録されます。
    • 以降は、この登録されたプロジェクト名で参照ゲノム配列を指定できます。

プロジェクトの削除

Project Windowのディレクトリツリーから操作します。

  1. 削除したいProjectの上でマウス右クリックします。
    • 操作メニューがポップアップします。
  2. Delete tree nodeをクリックします。
    • 削除確認メッセージが表示されます。
  3. 「はい(Y)」をクリックします。
    • 削除確認メッセージが表示されます。
  4. OKをクリックします。
    • そのProjectノード以下が全部削除され、削除確認メッセージが閉じます。

プロジェクトに登録された参照ゲノム・Chromosomeの削除

プロジェクトに登録されている参照ゲノム・Chromosome塩基配列は、Project WindowのDirectory Treeから削除することができます。

  1. 任意のプロジェクトの削除したいChromosomeノード上でマウス右クリックします。
    • 操作メニューがポップアップします。
  2. Delete Tree Nodeをクリックします。
    • 削除確認メッセージが表示されます。
  3. 「はい(Y)」をクリックします。
    • 削除確認メッセージが表示されます。
  4. OKをクリックします。
    • そのChromosomeノード以下が全部削除され、削除確認メッセージが閉じます。

プロジェクトの選択指定と登録ゲノム配列の参照

  • プロジェクトに登録された参照ゲノム塩基配列は、以降はプロジェクトを選択することにより指定することができます。
  • マッピングとスキャフォールディングを実行する場合や、マッピング実行結果ファイルをインポートする場合は実行前にそれらが属するプロジェクトを指定しておく必要があります。
  • また、アセンブリング実行結果をインポートする場合にも、プロジェクトの指定が必要となります。
  • 結果閲覧時のプロジェクト選択は、Project Windowから実行できます。

マッピング等の実行時のプロジェクト選択指定

各実行Window上で指定します。

結果閲覧時のプロジェクト選択指定(マッピング結果の閲覧例)

Project Windowのディレクトリツリーを使用します。

  1. Main Control Windowの"Align View" をクリックします。
    • プロジェクトウィンドウが表示されます。
  2. "root" ノードをクリックします。
    • rootノードが展開され、属するProjectノードが表示されます。
  3. "Project"の1つをクリックします。
    • そのプロジェクトに属する"Chromosome”ノードが展開されます。
  4. "Chnomosome"ノードの1つをクリックします。
    • そのChromosomeに属する"Mapping"ノードが展開されます。
  5. "Mapping"ノードの1つをクリックします。
    • そのMappingに属するContigノードが表示されます。
  6. "Contig" ノードの1つをクリックします。
    • アラインメントビューアが表示されます。

NGS Short Reads

  • Roche/454 GS FLX/Junior
  • ABI SOliD: CSFastA
  • Illumina GA
  • FastQ

Traditional Sequences

  • GenBank/EMBL
  • FastA
  • Plain Text
  • ABI/SCF
  • PHD

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